Maxquant使用说明_可编辑.docxVIP

Summary

该总结文件包含了所有在Maxquant运行当中所有原始数据文件的信息

名称

分隔

描述说明

Rawfile

原始数据的处理加工

Enzyme

用于消化蛋白样品的蛋白水解酶

Enzymemode

同上

Enzymefirstsearch

用于firstsearch的蛋白水解酶

Enzymemodefirstsearch

同上

Useenzymefirstsearch

当有不同的蛋白酶用于设置firstsearch时，标记为“+”

Variablemodifications

（翻译为可变修饰）用于多肽鉴定当中的可变修饰

Multimodifications

多重修饰用于鉴定多肽当中

Variablemodificationsfirstsearch

在firstsearch当中的可变修饰

Usevariablemodificationsfirstsearch

当有不同的可变修饰用于设置firstsearch时，标记为“+”

Requantify

用在鉴定当中的标签的数量（例如同位素标签，这里应该特质同位素标签）的数量

Multiplicity

同上

Max.missedcleavages

允许最大的漏切数量

Labels0

用于标签实验当中的标签，其中，0为轻标，1为中标，2为重标

LC-MSruntype

LC-MS运行的模式，当用于数据依赖性的传统的鸟枪法来做蛋白质组学时，设置为“standard”（标准模式）

Time-dependentrecalibration

时间依赖性的再校准：当出现该校准时，数据框内标记为“+”，时间依赖性的校准用于提高数据的质量

MS

在原始数据当中的MS1记录的数据量

MS/MS

在原始数据当中的MS2记录的数据量

MS3

在原始数据当中的MS3记录的数据量

MS/MSsubmitted

用于软件分析的串联的MS的数量

这里所说的串联质谱可以认为是二级质朴

MS/MSsubmitted(SIL)

用于软件分析的串联的MS的数量，这里检测的是作为标记簇（重标组，labelingcluster）的母离子被检测。

MS/MSsubmitted(ISO)

用于软件分析的串联的MS的数量，这里检测的是作为同位素模式的母离子被检测。

MS/MSsubmitted(PEAK)

用于软件分析的串联的MS的数量，这里检测的是作为单个峰（singlepeak，这里的单个峰的意思应该是没有同位素峰）的母离子被检测。

MS/MSidentified

鉴定到的串联质谱数的总数量

MS/MSidentified(SIL)

鉴定到的串联质谱数的总数量，这里检测的是作为标记簇（重标组，labelingcluster）的母离子被检测。

MS/MSidentified(ISO)

鉴定到的串联质谱数的总数量，这里检测的是作为同位素模式的母离子被检测。

MS/MSidentified(PEAK)

鉴定到的串联质谱数的总数量，这里检测的是作为单个峰（singlepeak，这里的单个峰的意思应该是没有同位素峰）的母离子被检测。

MS/MSidentified[%]

被鉴定到的串联质谱的比例

MS/MSidentified(SIL)[%]

被鉴定到的串联质谱的比例，这里检测的是作为标记簇（重标组，labelingcluster）的母离子被检测。

MS/MSidentified(ISO)[%]

被鉴定到的串联质谱的比例，这里检测的是作为同位素模式的母离子被检测。

MS/MSidentified(PEAK)[%]

被鉴定到的串联质谱的比例，这里检测的是作为单个峰（singlepeak，这里的单个峰的意思应该是没有同位素峰）的母离子被检测。

PeptideSequencesIdentified

通过记录在二级质谱上的谱图而鉴定出来的氨基酸序列的多肽的总数量

Peaks

被检测到的MS1(fullscans)的总数量

PeaksSequenced

通过MS2测出氨基酸序列的多肽的总数量

PeaksSequenced[%]

通过MS2测出氨基酸序列的多肽的比例（这里指的应该是串联质谱鉴定到的多肽的数量与MS1鉴定到的数量之比）

PeaksRepeatedlySequenced

在二级质谱当中被重复鉴定的次数（超过1次）

PeaksRepeatedlySequenced[%]

在二级质谱当中被重复鉴定的多肽的数量站总鉴定多肽数量的比率

IsotopePatterns

检测到的同位素峰的总数量

IsotopePatternsSequenced

被二级质谱（测序）鉴定到的同位素序列的总数量

Is