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NCBI分子数据库介绍

NCBI分子数据库介绍

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NCBI分子数据库介绍

NCBI分子数据库介绍

信息来源：中国生命科学论坛更新时间：2003-10-122:33:00

核酸序列(nucleotides)

·HYPERLINKEntrez核酸-用accessionnumber,作者姓名，物种，基因/蛋白名字，以及很多其它的文本术语来搜索核酸序列记录（在GenBank+PDB中）。更多的关于Entrez的信息见下。如果要检索大量数据，也可使用BatchEntrez（批量Entrez）。

·HYPERLINKRefSeq-NCBI数据库的参考序列。校正的，非冗余集合，包括HYPERLINK基因组DNAcontigs，已知基因的mRNAs和蛋白，在将来，整个的染色体。Accessionnumbers用NT_xxxxxx,NM_xxxxxx,NP_xxxxxx,和NC_xxxxxx的形式来表示。

·HYPERLINKdbEST-表达序列标签数据库，短的、单次（测序）阅读的cDNA序列。也包括来自于差异显示和RACE实验的cDNA序列。

·HYPERLINKdbGSS-HYPERLINK基因组调查序列的数据库，短的、单次（测序）阅读的cDNA序列，exontrap获得的序列，cosmid/BAC/YAC末端，及其他。

·HYPERLINKdbSTS-序列标签位点的数据库，短的在HYPERLINK基因组上可以被唯一操作的序列，用于产生作图位点。

·HYPERLINKdbSNP-单核苷酸多态性数据库，包括SNPs，小范围的插入/缺失，多态重复单元，和微卫星变异。

完整的HYPERLINK基因组

·参见Genome和Maps部分，包括各种物种资源，人，小鼠，大鼠，酵母，线虫，疟原虫，细菌，病毒，viroids，质粒。

·HYPERLINKUniGene-被整理成簇的EST和全长mRNA序列，每一个代表一种特定已知的或假设的人类基因，有定位图和表达信息以及同其它资源的交叉参考。序列数据可以以cluster形式在Unigene网页下载，完整的数据可以从FTP站点repository/UniGene目录下下载。

HYPERLINK奶牛UniGene

HYPERLINK人类UniGene

HYPERLINK小鼠UniGene

HYPERLINK大鼠UniGene

HYPERLINK斑马鱼UniGene

·HYPERLINKBLAST-将你的序列同核酸库中的的序列比较，检索相似的序列。（更详细的信息见下面Tools/Sequence相似搜索部分）

蛋白序列(proteins)

·HYPERLINKEntrez蛋白-用accessionnumber,作者姓名，物种，基因/蛋白名字，以及很多其它的文本术语来搜索蛋白序列记录（在GenPept+Swiss-Prot+PIR+RPF+PDB中）。更多的关于Entrez的信息见下。如果要检索大量数据，也可使用BatchEntrez（批量Entrez）。

·HYPERLINKRefSeq-NCBI数据库的参考序列。Curated,非冗余集合包括HYPERLINK基因组DNAcontigs,已知基因的mRNAs和蛋白，在将来，整个的染色体。Accessionnumbers用NT_xxxxxx,NM_xxxxxx,NP_xxxxxx,和NC_xxxxxx的形式来表示。

·HYPERLINK-下载genpept.fsa.Z文件，这个文件包含了从GenBank/EMBL/DDBJ记录中翻译过来的FASTA格式的氨基酸序列，这些记录都有一到两个CDS特性的描述。

·HYPERLINKConservedDomainDatabase(CDD)-蛋白质经常包含若干模块或域，每个有不同的进化源及功能。CD-Search服务可用来标记保存域中的蛋白质序列。

完整的HYPERLINK基因组

·参见Genome和Maps部分，包括各种物种资源，人，小鼠，大鼠，酵母，线虫，疟原虫，细菌，病毒，viroids，质粒。

·HYPERLINKEntrezHYPERLINK基因组-提供了一个编码区的概要和各种物种的分类表（TaxTable）。编码区概要列出了在HYPERLINK基因组中所有的的蛋白，并提供链接到FASTA文件和BLAST。分类表总结了蛋白BLAST分析的结果，建议