高通量的病原体微生物基因检测筛查方法与设计方案.pdfVIP

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S1

本技术属于生物领域，尤其设计一种高通量的病原体微生物基因检测筛查方法。一种高通量的病原体微生物基因检测筛查方法，包括：：设计探

S2S3DNARNAS4S5S6S7

针；：芯片合成；：提取样品中的或；：文库构建；：文库目标区域杂交捕获和测序；：采用高通量测序平台检测；：进

Samtools“”“

行生信分析，采用来计算病原体基因组序列每个位点的深度；与探针目标区域重叠的序列被视为目标序列；相反，则被视为非目标序

”“”“”

列。本技术通过一次检测，可同时实现靶向病原体检测和宏基因组检测，既能提高靶向病原体的检测灵敏度，又能检测到未设计探针的病原

体，扩大了检测范围。

技术要求

1.

一种高通量的病原体微生物基因检测筛查方法，其特征在于，包括：

S1：设计探针；

S2：芯片合成；

S3DNARNA

：提取样品中的或；

S4：文库构建；

S5：文库目标区域杂交捕获和测序；

S6：采用高通量测序平台检测；

S7Samtools“”“

：进行生信分析，采用来计算病原体基因组序列每个位点的深度；与探针目标区域重叠的序列被视为目标序列；相反，则被视为非

”

目标序列。

2.1

根据权利要求所述的方法，其特征在于，选择目标病原体微生物作为筛查对象，运用生物信息学方法，选择该病原体基因组上的物种特异序

列，并以此区域设计探针序列。

3.11-100

根据权利要求所述的方法，其特征在于，每种微生物设计条探针，探针合成后，等摩尔体积混合，得到液相检测芯片。

4.1cfDNA

根据权利要求所述的方法，其特征在于，所述样品为血液样品，样品采集和分离后得到。

5.1S4

根据权利要求所述的方法，其特征在于，所述包括：

S41cfDNAQuantiFluorTM-ST(Promega)Agilent2100

：分别取进行定量和检测质量；

S42cfDNADNAcfDNA

：以作为样本，使用二代构建文库测序试剂盒分别制备基因组文库和文库。

6.5S42

根据权利要求所述的方法，其特征在于，所述依次包括以下步骤：

AA

末端补平、补平后纯化、加尾、加尾后纯化、加单分子标记接头、加接头后磁珠纯化、文库扩增、文库鉴定和文库纯化步骤。

7.1illumineX-Ten

根据权利要求所述的方法，其特征在于，所述高通量测序平台为。

8.1S7

根据权利要求所述的方法，其特征在于，所述包括：

S71：对下机数据进行数据分析，先进行数据拆分，