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#软件工具#SequenceLogo的绘制办法
说道
不同的组片段由于具有某种特性，比如能够结合转录因子等，而
具有相似的序列。而通过绘制这些序列片段的Logo，或一致性序列，
可以达到直观化的目的。在本文中介绍两种绘制sequenceLogo
的办法，这两种办法都可以分别绘制和蛋白质的序列。
1）R/Bioconductor中的SeqLogo包：
A)安装：
source()
biocLite(seqLogo)
在使用SeqLogo包时，输入信息需要是一个JxW的矩阵。以为
例，则J=4，而W为序列的长度，并且4行分别代表的为A、C、G
和T。因此在此之前需要先用其他对原始的序列进行处理，计算得
到该矩阵。
根据此矩阵，可以计算出每一个位点w的信息量（informationcontent），
计算方法如下所示。
对于序列，信息量取值在0到2之间：如果越偏向某一种碱基，
则越接近2；如果四种碱基越平均，则越接近0。此法可以用来衡量该
位点的重要程度。
B)读入矩阵。
在这里，makePWM函数检查每一列，确保总概率为1，并且计算出信
息量。详细信息可以以下面的方式获得。
C)调用seqLogo函数绘制
直接使用seqLogo（p）
如果选择不使用信息量数据，则为seqLogo（p，ic.scale=FALSE）,生成
的为：
2）工具WEBLOGO：
主页界面如下
界面简单，容易操作。首先输入比对好的fasta格式序列，或者从硬盘
中浏览。然后设置输出的参数，基础的比如格式，可供选择的有
PNG、GIF等位图和EPS、pdf等可以编辑的矢量图；还有大小。
如果你对logo有更高的需求，则可以进一步在下面设置高级的参数。
比如要求Y轴是信息量或者是比例，是否画特定的坐标轴或ErrorBars；
也可以设置特定的配色方案等等。
利用上面提供好的5’剪切位点序列数据，并且进行简单的设置，
我们可以得到如下的图。默认生成的有地址样的水印，我们
可以勾掉“Showfineprint”选项去除之。
如果结果符合要求，我们就可以直接使用了。
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