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2022年宏基因组测序mNGS临床应用进展（全文）

推荐理由

感染性疾病的病原体种类多样，除常见的病原体外，罕见细菌、病毒、真

菌及寄生虫等病原体不易被传统的方法检测，给临床诊断带来困难，导致

漏诊和延误，或造成抗生素药物的滥用。近年来，随着测序技术的飞速发

展，二代测序（next-generationsequencing，NGS）技术已逐步应用

于感染性疾病的诊断、治疗和监测。宏基因组测序（metagenomicsnext

generationsequencing，mNGS）技术是对样本中所有核酸进行无偏倚

测序，结合病原微生物数据库及特定算法，检测样本中含有的病原微生物

序列，在病原微生物的鉴定、分型、耐药突变检测及新型病原体鉴定等方

面具有独特的优势和吸引力。

早在2014年，美国CharlesChiu教授首次应用mNGS技术诊断了一例

神经系统钩端螺旋体病例[1]，而这类疾病依靠常规检测方法是难以检出

的，此次应用证实了mNGS技术在病原微生物鉴定领域，尤其是疑难微

生物鉴定方面的应用潜能。随着该技术的社会经济成本不断降低和技术的

不断完善，mNGS已逐渐从科研走向临床应用，成为临床疑难和未知病原

微生物检验的重要手段。2020年12月13日，复旦大学附属中山医院感

染病科的胡必杰教授团队在SmallMethods上（IF=12.13）发表了一篇

题为“High-ThroughputMetagenomicsforIdentificationof

PathogensintheClinicalSettings”的综述，对高通量测序技术在感染病

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原检测方面的应用进行了详细地阐述，特摘综述的部分节选，以飨读者。

高通量测序技术在临床诊断的应用

高通量测序技术发展历程[2]

测序技术面世至今，测序技术和测序平台不断更迭，而且测序读长不断加

长、通量不断提升、时间不断缩短。1977年出现了以Sanger测序技术[3]

为代表的一代测序，其主要特点是测序读长长（可达1000bp），准确性高。

然而，一代测序由于测序成本高，通量低等方面的缺点，严重影响了其真

正大规模的应用。

现阶段，二代测序（NGS）技术大大降低了测序成本，大幅提高了测序速

度，并且保持了高准确性。但是，NGS存在序列读长短、后续的分析依赖

于片段拼接可能影响准确度以及测序运行时间较长的问题。因此，二代测

序仍有改进的空间。

三代测序技术又称单分子测序技术，与NGS相比，三代测序技术每秒可

检测10个核苷酸，大大缩短了测序时间。此外，三代测序可实现DNA/RNA

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直接测序、无需PCR扩增以及无GC偏好性的优点。尽管第三代测序具有

诸多优势，但由于其错误率高、成本高，目前仍未在临床应用中得到广泛

应用。

表1.病原微生物高通量测序平台参数汇总[2]

高通量测序检测流程

mNGS分为两个技术环节，即实验操作环节（也称“湿实验”），和之后的

生物信息学分析环节（也