结构生物学大分子模拟.ppt

二级结构预测的准确度单序列：~60%，应用多重序列比对的：65-85%二级结构的在线预测PHD算法：/predictprotein/GOR算法：http://molbiol.soton.ac.uk/compute/GOR.html第63页,共69页，星期六，2024年，5月蛋白质结构预测方法准确性的评估评估的必要性CASP（CriticalAssessmentofTechniquesforProteinStructurePrediction）项目网址：/1994年，CASP1，35个小组，100个预测2000年，CASP4，160个小组，11136个预测第64页,共69页，星期六，2024年，5月应用实例计算机模拟用于研究蛋白质的折叠机理能在不同分辨率水平上提供丰富的信息模拟的时间尺度在纳妙级目前只能用于小肽片断小蛋白的折叠时间在20us，最短1us第65页,共69页，星期六，2024年，5月1998年，Collman对HP-36的分子动力学模拟使用由256个CPU构成的超级并行计算级CrayT3E模拟时间1微秒计算时间长达两个半月得到了与NMR结构有一定类似性的结构，并观察到蛋白质折叠的中间体第66页,共69页，星期六，2024年，5月第一节生物大分子的计算机模拟生物大分子的计算机模拟方法蛋白质三维结构的模建核酸结构的模拟第67页,共69页，星期六，2024年，5月AnalysisExPASyMolecularBiologyServer()ThepredictedtertiarystructureofTDL第68页,共69页，星期六，2024年，5月感谢大家观看第69页,共69页，星期六，2024年，5月反平行?回折平行?回折蛋白质分子的另一种主要结构成分是?回折，这种结构是蛋白质分子中若干段区域的称为?-链的多肽链形成的。在?回折中，?-链处于伸展状态，一条链的C＝O与另一条链的NH形成氢键。?-链可以有两种方式形成?回折：一种是所有的?-链均具有相同的方向(平行?回折)，另一种是相互靠近的两条?-链具有相反的方向(反平行?回折)。除了位于两侧的?-链外，所有肽链上的C＝O基团和NH基团均形成了氢键。?回折第31页,共69页，星期六，2024年，5月?回折?回折也可以混合的平行和反平行的形式存在。几乎所有的?回折，不管是平行的、反平行的、或者是混合的，均存在着链的扭曲，这种扭曲通常大部分是右手的。E.colithioredoxinAgkistrodonacutusserineproteaseAgkistrodonacutuszinc-metalloproteinase第32页,共69页，星期六，2024年，5月?-转角

?-turn蛋白质分子中肽链出现180?的回折，又称为β－弯曲、链回转或发夹结构。在?-转角部分，由四个氨基酸残基组成;弯曲处的第一个氨基酸残基的-C=O和第四个残基的–N-H之间形成氢键，形成一个不很稳定的环状结构。这类结构主要存在于球状蛋白分子中。第33页,共69页，星期六，2024年，5月β－转角靠第一个氨基酸残基的C=O和第四个氨基酸残基的NH形成氢键维持稳定，多数存在于球状蛋白质分子的表面。第34页,共69页，星期六，2024年，5月无规则卷曲也称自由回转或无规则线团第35页,共69页，星期六，2024年，5月蛋白质分子表面的环区域第36页,共69页，星期六，2024年，5月蛋白质分子表面的环区域（LOOP）大多数蛋白质分子是由?-螺旋和/或?回折构成的。这些?-螺旋和/或?回折通常由不同长度和不规则形状的环区域相连接。螺旋与回折的组合形成了分子的稳定的疏水内核，环区域位于分子的表面。主链上的这环区域的C＝O和NH基团一般不相互形成氢键，而是与溶剂中的水分子形成氢键。暴露于溶剂中的环区域的残基通常是一些带电的和亲水的残基，据此进行的环区域的预测可信度往往比对?-螺旋和?回折的预测还要高。第37页,共69页，星期六，2024年，5月不同种属的蛋白质氨基酸残基序列同源比较表明，某些残基的插入/缺失往往发生在环区域。在分子进化的过程中，蛋白质分子的内核要比环区域更稳定。由于环区域具有连接螺旋、回折的功能，故环区域通常参与形成蛋白质的“结合部位”或酶的“活性中心”。抗体的抗原结合部位的“发夹环”锌金属蛋白酶的“Met-turn”蛋白质分子表面的环区域第38页,共69页，星期六，2024年，5月蛋白质的结构可以通过旋转键的扭