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第十一章核酶的结构与功能

提纲

一、核酶的种类

1.小核酶

2.大核酶

二、核酶的催化机制

1.小核酶的催化机制

2.大核酶的催化机制

三、核酶发现的意义及其应用

核酶的种类

根据分子的大小和催化机制，核酶可以分为小核酶和

大核酶，其中小核酶的大小约40~154nt，大核酶有几

百个到几千个nt。

小核酶一般是来源于某些动、植物病毒的卫星RNA，

主要包括锤头状（hammerhead）核酶、发夹状（

hairpin）核酶、D型肝炎病毒（HDV）RNA、Varkud

卫星（VS）核酶和GlmS核开关。。

大核酶包括I组和II组自我剪接的内含子（self-splicing

introns）、催化真核细胞核mRNA前体剪接的剪接体（

spliceosome）、催化tRNA前体在5′端后加工的核糖核

酸酶P和催化蛋白质生物合成的核糖体。

核酶与基于蛋白质的酶的比较

共同点

只改变反应速度，不改变平衡常数；具有很高的底物专一性；

对温度和pH等因素的变化敏感；具有较高的催化效率；也可

以使用辅助因子来协助催化；酶活性既可以受到激活，也可以

受到抑制；酶的活性也依赖于其特有的三维结构，特别是活性

中心的结构，并且也是通过稳定反应的过渡态、降低反应的活

化能来提高速率的。

不同点

天然核酶能催化的反应较为单调。几乎所有已知的天然核酶催

化的都是与磷酸二酯键有关的转酯反应，功能一般为RNA的

后加工。而且，大多数核酶属于自催化。此外，核酶催化的反

应有限，这是因为其活性中心能够提供的催化基团很有限。在

核酶的活性中心，碱基一般很难有效地作为广义的酸碱催化剂

去参与催化。正因为如此，几乎所有天然的核酶都绝对需要二

价的金属离子Mg2+或Mn2+。

小核酶的催化机制

此类核酶催化的都是位点特异性剪切/连接反应，催化

机制都涉及到一个被激活的亲核基团对一个磷酸二酯键

的进攻，形成五价磷过渡态或半衰期极短的中间物，然

后是一个离去的氧。反应的结果是磷酸基团的立体化学

发生变化。

这类核酶在催化机制上的差别主要是亲核基团和离去基

团的不同。四种小核酶都使用内部紧靠剪切点的一个核

苷酸上的2′-OH为亲核基团，去取代剪切点上的磷酸

二酯键的5′-O，反应产物为带有2′-3′磷酸二酯键的

RNA和一个游离的5′-OH。这样的反应与RNA的碱水

解很相似，但核酶催化的是特定位置的单个磷酸二酯键

的水解。

除了发夹状核酶以外，其他都需要金属离子协助催化。

金属离子的结合位点是高度特异性的，不可以用其他带

正电荷的离子代替。

RNA的滚环复制以及子代RNA的成熟

小核酶所催化的反应的基本步骤

锤头核酶的二级和三级结构以及可能的催化机制

大核酶的催化机制

大核酶催化的反应有剪切反应、剪接反应和转肽反

应。其中最典型的代表是存在于所有细胞中的核糖

核酸酶P。与其他核酶不同的是，核糖核酸酶P使用

水分子作为亲核基团，并且，核糖核酸酶P既含有

RNA，又含有蛋白质。

核糖核酸P的催化机制是依赖于2个Mg2+的双金属催

化，1个Mg2+激活充当亲核试剂的羟基，使这个羟基

进行亲核取代，形成一个新的键，取代在3′-切开的

磷酸基团上的氧。另1个Mg2+与水分子结合，促使质

子转移给在3′-切开的磷酸基团上的氧，从而促进产

物的释放。

海栖热袍菌核糖核酸酶P与tRNAPhe产物形成的复合物的三维结构

核糖核酸酶P催化的剪切反应

核糖核酸酶P的催化机制

核酶发现的意义

“RNA世界”假说

支持“RNA世界”假说的证据

①RNA也可以充当遗传物质，很多病毒以RNA为遗传物质

②RNA可以充当酶，而且可以催化多种不同的反应

③现代的细胞里，有