二代测序技术在医学领域中的应用.pptxVIP

二代测序技术在医学领域中的应用;概要;二代测序技术简介;人类基因组

HumanGenome;DNA的构成;末端终止法测序;;人类基因组计划(HGP);01;;;;桥式PCR;二代测序（NGS）;边合成边测序（SBS）;每次只能结合1个碱基，发出一种荧光信号。;Hiseq2500;常见医学领域NGS方案;二代测序应用医疗的可行性;NGS的优势;;;;;SNP(SNV);示例;;大多数的SNP都是无用的;但也有例外;诊断实例：

Dr.JamesGern和JosephDeRisi合作，用MiSeqDx从一个病危的十几岁的男孩的脑脊液中抽提出核酸样本，测了8百万条核酸序列，从中检出了475条钩端螺旋体的序列，从而判定这个男孩的病是因为钩端螺旋体感染。

Dr.JamesGern依据上述的判断，给男孩青霉素治疗，治好了这个男孩的病。脑脊液是较难取得的体液，只能是采集很少的量，这就限制了所能得到的核酸总量。

钩端螺旋体，在病原体的常见程度排名中是较靠后的种类。在本案例中，如果用PCR方法，挨个排查病原体，可能还没排到钩端螺旋体，核酸就不够了。但高通量测序克服了核酸量不够的问题。

在本案例中，钩端螺旋体DNA只占总DNA的万分之0.6，含量极微，但经过高通量测序，得到了475条钩端螺旋体的DNA，这让钩端螺旋体无处循形。;2009年H1N1病毒爆发感染时，有一名病人死于呼吸系统引起的多器官衰竭，然而并不知道具体的死因。科学家把病人的肺部穿刺组织的DNA拿来做高通量测序。最终在950万条序列中，含有0.85%的序列来自于H1N1病毒基因组，从而帮助科学家发现了该病人的真正死因。在这样高人类基因组干扰的背景下，目前其他技术都难以快速发现致病病毒序列、以及分子分型。;全外显子测序（WES）;;;WES方案流程;包括mRNA-Seq，lncRNA-Seq，sRNA-Seq等。

可以高通量分析转录本信息，发现未知的转录本和基因注释。

寻找个体间，同一个体不同时期等感兴趣基因表达丰度变化。;mRNA-Seq方案;有关lncRNA的一些知识：;lncRNA-Seq;sRNA-Seq;;;石蜡包埋样本解决方案;FFPE样本(石蜡包埋切片组织);;FFPE-WES的巨大挑战;;;是否有相同突变?;目前无法用于WGRS，样本降解严重，对DNA覆盖度有很大影响。;CTCS和ctDNA;;CTCs研究意义;;CTCs的富集;通过细胞形态富集;微流芯片;密度梯度离心;免疫磁珠富集法;微???体;CTCs鉴定;;ctDNA属于cfDNA中的一种。;ctDNA与NGS的结合;CTCs与ctDNA分析比较;