进化树的构建[整理版].pdf

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烦请各位看看，有没有什么大的问题，请直接贴上你的意见和建议，我会尽快修改。主要是

针对初学者，写得尽量简单一些。

谢谢！

phylogentics_lylover.doc(73.0k)

lz还真勤劳,一个字:顶

Amazing!

Thankyouforyourhardwork!

oldfish的批评意见也一并上传。写得不错。呵呵

phylogentics_lylover_with_comments.doc(105.5k)

晕，出丑了...改过来了。谢谢

再贴一个来自yzwpf的批评意见。写得很不错。

NJ,ML,Bayes均需要选择模型，对PAUP和MrBayes而言，ModelTest有专门的版本可

自动选择模型，意味着它会输出两者专用的设置模型的命令，用户需要的只是将该命令简单

的复制粘贴。

MrBayes和MAC5均可利用gap信息构建进化树。

ml法无需比对应该是错误的。至少在paup中未比对会出错。

计算基因分化的年代，这个更一般的是知道进化树中某两个或更多物种的分歧时间，然后可

以使用r8s软件分析进化树中其他序列的分歧时间。在mega中打开树后也可进行极为简

单的年代分析，但必须满足分子钟假设且无法根据多个分歧时间进行校正！

楼主，这是我写的帖子呀！怎么变成了mediocrebeing，呵呵！

NJ,ML,Bayes均需要选择模型，对PAUP和MrBayes而言，ModelTest有专门的版本可

自动选择模型，意味着它会输出两者专用的设置模型的命令，用户需要的只是将该命令简单

的复制粘贴。

MrBayes和MAC5均可利用gap信息构建进化树。

ml法无需比对应该是错误的。至少在paup中未比对会出错。

计算基因分化的年代，这个更一般的是知道进化树中某两个或更多物种的分歧时间，然后可

以使用r8s软件分析进化树中其他序列的分歧时间。在mega

该用户很懒，什么也没介绍

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