系统发育树的构建方法.pptxVIP

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生物信息学

Bioinformatics

0233301510

魏天迪

山东大学生命科学学院

这篇文章是作者专门用于反对造物主理论和智能设计论的。

用进废退论：

拉马克（1744-1829）认为，生物经常使用的器官会逐渐发达，不使用的器官会逐渐退化。拉马克认为用进废退这种后天获得的性状是可以遗传的，因此生物可把后天锻练的成果遗传给下一代。如长颈鹿的祖先原本是短颈的，但是为了要吃到高树上的叶子经常伸长脖子和前腿，通过遗传而演化为现在的长颈鹿。又例如上一代是为举重选手，则子代应遗传得自父母之强健肌肉。

“blindasamole”“girafe‘slong

neck”

“birdshavenoteth?”

Lamarck(1744-1829)

JeanBaptiste

水生的雄蟾蜍都有一个黑色指垫，陆生的没有。奥地利的卡姆梅勒强迫陆生的产婆蟾在水中生活，繁殖了几代之后绝种了，但是在绝种之前，雄蟾蜍据称长出了黑色指垫，而且一代比一代更明显。他为了拉到资助，周游列国到处演讲。1923年，他带着产婆蟾标本去英国演讲，引起了遗传学家贝特森的怀疑。1926年，美国自然历史博物馆和维也纳大学检查他的产婆蟾标本，发现所谓“黑色指垫”乃是用黑墨水涂上去的。

一个多月后卡姆梅勒开枪自杀，留下一封遗书，声称他是无辜的，是另外有人在他不知道的情况下造假。

推翻拉马克主义：

德国的魏斯曼把老鼠尾巴都切断后，再让其互相交配来产生子代，而生出来的结果也依旧都是有尾巴的。再将这些没有的子代互相交配产生下一代，而下一代的老鼠也仍然是有尾巴尾巴的。

他一直这样重复进行至第二十一代，其子代仍然是有尾巴的。

支持拉马克主义：

达尔文与《进化论》

优胜劣汰，适者生存理论：

生物都有繁殖过剩的倾向，而生存空间和食物是有限的，所以生物必须“为生存而斗争”。在同一种群中的个体存在着一定程度的变异，那些具有能适应环境的有利变异的个体将存活下来，并繁殖后代，并把有利变异遗传给后代，不具有有利变异的个体就被淘汰。如果自然条件的变化是有方向的，则在历史过程中，经过长期的自然选择，微小的变异就得到积累而成为显著的变异。由此可能导致亚种和新种的形成。以长颈鹿为例：一群长颈鹿，脖子长长短短的都有，

但自然环境中较低处的树叶都吃完了，只有那

些脖子长的能够到更高处叶子的鹿才能吃饱并

繁衍后代，而那些脖子不够长的饿死了，也就

没有了后代。

2.比较形态学、比较解剖学和生理学等：确定大致的进化框架--细节存在很多的争议

3.分子进化：利用软件，从分子水平（DNA、RNA或蛋白质序列）

上，构建物种的进化树--准确度依赖软件的优劣及参数的设置

1.最确凿证据是：生物化石！--零散、不完整

•美国人LinusPauling于1964年提出了分子进化的理论。

•在分子水平上（DNA、RNA或蛋白质序列）而不是物种的外在特征，来研究进化过程。

•基于某一个特定的分子在不同物种中的序列差异来构建进化树。

•基本假设：（1）DNA、RNA或蛋白质序列包含了物种的所有进化史的

信息；（2）分子钟理论：一个特定蛋白质的进化变异（不同碱基或氨基酸的个数）的速度在不同物种中是基本恒定的。即两个蛋白质的序列越相近，他们距离共同祖先就越近。

√同源（Homologs）：来源于共同祖先的序列相似的序列为同源序列。相似序列并不一定是同源序列。

√直系同源（Orthologs）：来自于不同物种的由垂直家系（物种形成）进化而来的蛋白，并且典型的保留与原始蛋白有相同的功能。

√旁系同源（Paralogs）：在同一物种中的来源于基因复制的蛋白，可能会进化出新的与原来有关的功能。

√异同源（Xenologs）：通过基因水平转移，来源于共生或病毒侵染而产生的相似的蛋白质序列。

三种不同的homologs

三种不同的homologs

越来越多的细菌和动植物的基因测试显示，基因并不是简单遗传给生命树上的个别枝条，它们还在物种之间以不同的进化路径转换，其结果是一个杂乱无章的“生命网”。

水平基因转移是指在不同生物个体间或单个细胞内部细胞器之间，遗