基因芯片技术基础知识概念制备杂交应用及发展方向.doc

生物科学正迅速地演变为一门信息科学。最明显的一个例子就是目前正在进展的HGP〔humangenomeproject〕，最终要搞清人类全部基因组的30亿左右碱基对的序列。除了人的遗传信息以外，还有其它生物尤其是模式生物〔modelorganism〕已经或正在被大规模测序，如大肠杆菌、啤酒酵母、秀丽隐杆线虫以及中国和日本科学家攻关的水稻基因组方案。但单纯知晓生物基因组序列一级构造还远远不够，还必须了解其中基因是怎样组织起来的，每个基因的功能是什么，又是怎样随发育调控和微环境因素的影响而在特定的时空域中展开其表达谱的，即我们正由构造基因组时代迈入功能基因组时代。随着这个功能基因组学问题的提出〔后基因组时代，蛋白组学〕[1]，涌现出许多功能强大的研究方法和研究工具，最突出的就是细胞蛋白质二维凝胶电泳〔2-D-gel〕〔及相应的质谱法测蛋白分子量〕和生物芯片〔Biochip〕技术[2]。

一．什么是基因芯片

生物芯片，简单地说就是在一块指甲大小〔1cm3〕的有多聚赖氨酸包被的硅片上或其它固相支持物〔如玻璃片、硅片、聚丙烯膜、硝酸纤维素膜、尼龙膜等，但需经特殊处理。作原位合成的支持物在聚合反响前要先使其外表衍生出羟基或氨基〔视所要固定的分子为核酸或寡肽而定〕并及保护基建立共价连接；作点样用的支持物为使其外表带上正电荷以吸附带负电荷的探针分子，通常需包被以氨基硅烷或多聚赖氨酸等〕将生物分子探针〔寡核苷酸片段或基因片段〕以大规模阵列的形式排布，形成可及目的分子〔如基因〕相互作用，交行反响的固相外表，在激光的顺序激发下标记荧光根据实际反响情况分别呈现不同的荧光发射谱征，CCD相机或激光共聚焦显微镜根据其波长及波幅特征收集信号，作出比较和检测，从而迅速得出所要的信息。生物芯片包括基因芯片、蛋白质芯片、组织芯片。而基因芯片中，最成功的是DNA芯片，即将无数预先设计好的寡核苷酸或cDNA在芯片上做成点阵，及样品中同源核酸分子杂交[3]的芯片。

基因芯片的根本原理同芯片技术中杂交测序〔sequencingbyhybridization,SBH〕。即任何线状的单链DNA或RNA序列均可被分解为一个序列固定、错落而重叠的寡核苷酸，又称亚序列〔subsequence〕。例如可把寡核苷酸序列TTAGCTCATATG分解成5个8nt亚序列：

(1)CTCATATG

(2)GCTCATAT

(3)AGCTCATA

(4)TAGCTCAT

(5)TTAGCTCA

这5个亚序列依次错开一个碱基而重叠7个碱基。亚序列中A、T、C、G4个碱基自由组合而形成的所有可能的序列共有65536种。假设只考虑完全互补的杂交，则48个8nt亚序列探针中，仅有上述5个能同靶DNA杂交。可以用人工合成的序列的所有可能的n体寡核苷酸探针及一个未知的荧光标记DNA/RNA序列杂交，通过对杂交荧光信号检测，检出所有能及靶DNA杂交的寡核苷酸，从而推出靶DNA中的所有8nt亚序列，最后由计算机对大量荧光信号的谱型〔pattern〕数据进展分析，重构靶DNA的互补寡核苷酸序列。

二．芯片类型

一般基因芯片按其材质和功能，根本可分为以下几类[4]

(二)通道型微阵列芯片

1.毛细管电泳

(三)生物传感芯片

1光学纤维阵列芯片

2白光干预谱传感芯片

小鼠基因表达谱芯片(MGEC)

附:目前国内基因芯片常见品种.(上海博星公司)

芯片品种

芯片点数

MGEC-20S

2000

MGEC-40S

4000

MGEC-80S

8000

癌症相关基因表达谱芯片(CRGEC)

分类

芯片型号

芯片点数

肝癌相关基因表达谱芯片

LiverC-16S

1626

LiverC-16D

3252

954

1908

肺癌相关基因表达谱芯片

737

1474

人类基因表达谱芯片(HGEC)

芯片品种

芯片点数

HGEC-10S

1024

HGEC-10D

2048

HGEC-20S

2048

HGEC-20D

4096

HGEC-40S

4096

HGEC-40D

8192

HGEC-80S

8192

HGEC-80D

16184

三基因芯片的制备

芯片种类较多，制备方法也不尽一样，常见的芯片可分为两大类：一类是原位合成；一种是直接点样。原位合成适用于寡核苷酸；直接点样多用于大片段DNA，有时也用于寡核苷酸，甚至mRNA。原位合成有两种途径。一是光蚀刻法；一是喷印法。光蚀刻法可以合成30nt左右，喷印法可以合成40-50nt，光蚀刻法每步缩合率较低，一般为95%左右，合成30nt产率仅20%；喷印法可达99%以上，合成30nt产率可达74%，从这个意义上说喷印法特异性应比光刻法高。此外，喷印法不需特殊的合成试剂。及原位合成法比较点