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第23卷第2期佳木斯大学学报(自然科学版)Vol.23No.2
2005年04月JournalofJiamusiUniversity(NaturalScienceEdition)Apr.2005
:1008-1402(2005)02-0153-06
DNA
①,
(,510632)
:基于典型CLUSTALW序列比对算法,研究一种局部优化的多序列比对算法,用减少序列比
对过程中总评分的方法来到优化算法的目的,并对基因库中的序列进行了测试.
:生物信息学;DNA序列;序列比对算法;数据挖掘
:TP301:A
0
DNA,,
.,,,
,.
,,
.
,,,
.
(1)
.,
[1]
Needleman-Wunsch,.
Smith-Waterman,,,
,,,
[2]
.Smith-Waterman,ASTABLAST.
Smith-Waterman,,,
,,.
PearsonLipmanASTA,.,
AltschulBLAST.
,,,
.
(2)[3,4,5]
,,
CLUSTALW,,:
1),;
2);
①:2004-12-17
:,(031903)
:(1978-),,:、.
(1946-),,,.:、
.
154佳木斯大学学报(自然科学版)2005年
3),,,,
.
,(、、
),BLAST,
[6]
.
CLUSTALW,,Microsoft
VisualC#,SQLServer2000,.
1
(SequenceAlignmentAlgorithm),
.,“-”
,.
.[7]
1,S1,S2,…,Sk,k≥2,“-”,“-”
.′=∪{-},3:
(1)k;
(2)i“-”,Si;
(3).
S=AGCGTAGT=GTCAGA,
AG-C-GTAG
-GTCAG-A
S,T.
2ST,|S|S,Sii.S
T,:
(1)|S|=|T|;
(2)Si=Ti,(0i≤|S|);
3Sub:′×′※N,,′=∪{-},N.Sub(a,b)
1a2b.Sub(-,b)1
2b.Sub,,a,b∈,Sub(a,b)=
∑
Sub(b,a).Pam250,Blosum62.Pam250.
4AS1,S2,…,Sk,,
ij{0≤i,j≤k,i≠j}C(Aji),:
C(Aij)=1≤n≤wSub(A[i][n],A[j][n])
,A[i][n]Ain,wA.
5AS1,S2,…,Sk,ij
,AC(A),C(A):
C(A)=1≤i≤j≤kC(Aji)
:S1,S2,…,Sk,kA,
C(A).
6.(ScoringMatrices).
,,;,.
,,,
第2期
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