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美国病理学会（CAP）对于二代测序临床诊疗试验室标准

相对于桑格测序来说，二代测序较高通量和每个碱基所消耗较低成本，使得其快速应用于临床检测领域。尽管在1988年美国病理学会（CAP）没有给出这项技术在临床诊疗上试验室标准规范。但在过去几年，能够提供二代测序检测服务试验室对应不停增加。

目标：针对应用二代测序技术临床诊疗给出一个检验清单用以标准化试验操作平台和生物信息数据分析平台。因为基于NGS临床检测是一个新诊疗技术，而且相对于一代测序其更为复杂，所以现在亟需针对这些检测制订新标准规范。

设计：针对NGS制订必要规章制度，促进这项技术愈加好地应用于临床检测。在CAP成立了NGS工作组委员会，以对检测清单项目内容进行仔细研究。

结果：在CAP分子病理学检测清单中总共包含针对试验操作平台和生物信息数据分析平台18项试验室认证要求清单。

结论：这项经CAP委员会认真考虑后所给汇报陈说了对于制订新检测清单主要性。其中包含文件、同意、质保、验证、异常日志、监控升级、各个版本解释及汇报、附带发觉、数据储备、可追溯性模板、数据传送保密性等处理。

DNA测序即二代测序技术（NGS）由七十年代化学测序法和桑格测序法逐步演化而来。NGS与一代测序主要不一样是其能够并行对数以百万DNA短片段同时测序而非仅有一个DNA片段。在九十年代中期基于荧光毛细管凝胶电泳自动化桑格测序产生使得DNA测序普遍应用于临床诊疗。而NGS更高通量远远超出自动化桑格测序。二代测序较高通量和每个碱基所消耗较低成本，使得其快速应用于临床检测领域，尽管NGS各方面分析都更为复杂。包含数据取得和储备案例远超出于1988年临床检验科改进后试验室修正案，对于后续数据计算具备较大挑战性。NGS检测领域包括遗传病、实体瘤、恶性血液病、传染性疾病，人类白细胞抗原分析，非侵害性产前诊疗，胎儿染色体异常检测。

但在过去几年，能够提供二代测序检测服务试验室对应不停增加。尽管在1988年美国病理学会（CAP）没有给出这项技术在临床诊疗上试验室标准规范。为应对这种需求，CAP成立了NGS工作组委员会，以在这项技术发展早期制订第一套临床检验标准。考虑到基于NGS测序技术是在原有技术上对仪器、测序反应试剂、生物信息分析等改进，工作组致力于制订一套用于规范NGS临床检测工作框架管理标准以愈加好地采纳基于NGS检测技术。

二代测序技术由两部分组成，试验操作平台和生物信息分析平台。试验操作平台通常包含全部以下流程：病人样品采集处理，核酸提取，片段化，分子标签，外显子组或基因组靶序列富集，接头连接，扩增，文库准备，上样，序列读出。序列是经过对数以百万DNA片段读取全自动化产生。化学试验反应后便是大规模计算和生物信息分析。经过各种算法将测到短序列去比对匹配人类参考基因组序列。经过图谱比对后，与参考基因组不一样核苷酸变异被识别出来。另一个独立进程是去逐一或组合依照其对应临床表现去分析与临床相关变异类型。对于个别病人案例，已经被确认变异参考其正常基因功效受损注释内容进行评定，如早产转录因子、截断蛋白、非同义突变对蛋白功效影响或剪接位点改变。为了对疾病和有害突变关系做出明智决定，需要依照病人临床症状结合基因组研究结果。作图比对、变异识别、变异注释以及一定程度上临床解释包含了生物信息分析全部工作框架。

CAPNGS工作组考虑到化学试验反应平台与生物信息分析平台是相分离，所以制订标准也是分开。一部分试验室利用国外设备去进行一部分二代测序检测。一个试验室提供从试验操作平台到生物信息分析，他们临床检测验证能够整合起来。在CAP分子病理学检测清单中总共包含针对试验操作平台和生物信息数据分析平台18项试验室认证要求清单。NGS检测项目清单包含对于流程文件建立、同意、质保、验证、异常日志、监控升级、各个版本解释及汇报、附带发觉、数据储备、版本可追溯性、数据传送保密性等处理。如同这份汇报中描述一样，工作组目标就是为NGS检测服务提供最初基本判定合格需求。能够预见就是只要基础检测验证规范需求到位后，随即便会有附加其它专门规程。这些在注释部分对其进行深入处理。这项经CAP委员会认真考虑后所给汇报陈说了对于制订新检测清单主要性。另外，这份汇报能够作为CAPNGS检测清单补充，所以内容上与检测清单需求紧密相连。

NGS试验标准操作流程文件

试验室需要建立一个标准操作流程文件。一个详实标准操作流程文件是临床试验室质量评价主要部分。全部DNA/RNA样品准备、片段化、文库准备、分子标签、样品混合、合成测序相关试验操作必须建立标准操作流程文件，这么才能对每一步及随即操作进行追踪。这包含全部方法、试剂、仪器、仪器软件、之前版本等。另外，对于质控标准也需要进行描述。一些案例在后面重点提出。NGS靶序列试验（比如多基因模块或外显子测序）能够在测序前