微生物基因组学.ppt

对于所有研究微生物基因的分子生物学家来说，当目标生物的基因组序列未知时，基因也可以从基因组中分离出来。但是这个过程既耗时又费力，并且分离每一个基因都要设计不同的方案。如果基因组序列已知的话，那么所需基因的分离就变得相对容易些，那时基因就可以很简单地从目录上解读出来了。这样基因组学就为分子生物学提供了从序列到表型的新的工作模式。对于某些难以在实验室条件下培养的微生物，例如某些古细菌或寄生菌，用普通的实验方法难以对它们进行研究。这时对它们进行基因组测序，并用比较基因组学的方法对其基因组进行注释，是获得有关这些微生物的生物学知识的较好途径。最后，进行基因组计划还有一个理由：这项工作将现有技术发挥到了极至。因此基因组测序代表了分子生物学的前沿，该领域在几年前还是不可企及的，现在也还需要创新和大量的艰苦工作才能完成。科学家们一直在努力完成这项几不可能的工作，众多分子生物学家参与基因组计划的动机十分简单，那就是向未知挑战！基因组学回答有趣的问题示例一研究人类病原体的最大困难之一是梅毒的致病因子－苍白密螺旋体(T.pallidum)。这是因为我们不能在人体之外培养T.pallidum，因此，有关它的代谢或它逃避宿主防御的途径也就几乎不知道，更没有相关疫苗的产生。那么很自然，它的基因组的测序带来了相当大的兴奋和希望。根据T.pallidum基因组注释绘制的代谢图第一章节结果表明，T.pallidum的代谢途径是残缺不全的，它能够用碳水化合物作为能源，但是缺乏TCA循环和呼吸电子转移。它也缺乏许多生物合成途径（例如酶辅助因子、脂肪酸、核甘酸），必须依赖于它的宿主来提供。因为缺少几个关键的途径，所以该病原体不能在体外培养的原因也就昭然若揭了。T.pallidum具有许多具有重复序列特征的表面蛋白基因家族。据推测，这些基因可能是通过重组来产生新的表面蛋白，并使该菌逃避宿主免疫系统的攻击。我们有可能通过这些表面蛋白来鉴定T.pallidum菌株，还可以用来制备梅毒疫苗。由于T.pallidum基因组中约有40％的基因未知功能，其中一些可能是负责产生毒素及其它毒性因子的，如果我们要对T.pallidum是任何引起梅毒有更多的了解，就需要对这些基因进行更进一步的研究。基因组学回答有趣的问题示例二衣原体(Chlamydiae)是非运动的球形G－细菌，它只能在真核细胞细胞质的泡囊中以独特的生命周期进行繁殖。它的基因组测序已经揭示了几个惊人的结果。因为该菌的生命周期非常特别，人们曾预期它的基因组可能也很特殊。但事实并非如此，它的基因组于其它许多细菌基本都是一样的。微生物学家称Chlamydiae为“能量寄生菌”，认为它从寄主细胞中获得所有的ATP，但基因组结果表明，它至少有一些自己制造ATP的基因。Chlamydiae基因组中含有20个从真核宿主细胞中获得的基因，其中一些基因是类似植物的。那么我们有可能推测，Chlamydiae起初是感染了植物宿主，然后才转移至动物。另一个让人惊奇的发现是Chlamydiae具有合成肽聚糖的基因。因为Chlamydiae的细胞壁缺少肽聚糖，所以微生物学家一直不能解释青霉素为什么能够抑制Chlamydiae的生长。肽聚糖合成酶的存在可以帮助说明青霉素的作用，但是Chlamydiae合成肽聚糖的作用是什么，目前还不清楚。Chlamydiae缺乏被认为是所有细菌和古细菌在细胞分裂过程中，形成分隔所必须的ftsZ基因，这一点也很让人奇怪。缺乏这种“house-keeping”类的基因，那么它是怎么分裂的呢？是否还有一些未知功能的基因在细胞分裂中起主要作用呢？或者Chlamydiae所使用的细胞分裂机制根本就不同于其它原核生物？这些问题都需要进一步的研究来解答。随着微生物基因组学的发展，越来越多的问题找到了答案，但越来越多的新问题又提了出来。这表明我们对微生物生物学知识还了解得很少，还有许许多多微生物的遗传学、生理学以及代谢的知识需要我们去学习，甚至以前已经深入研究过的东西都还需要重新审视。

微生物基因组学将极大地影响微生物学的许多领域。我们对微生物了解的进展也将有助于对更复杂的真核生物基因组的研究。四、几种重要微生物基因组的测序SequenceAbridgebetweenlifescienceandinformationscienceNobiologycouldbedonewithoutGenbankPARTONE01021977年5.3kb的φX174噬菌体基因组完成测序。1990年230kb的人巨细胞病毒全基因组完成测序。1995年1.8M的流感嗜血杆