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#源代码#python下实现sequenceBLAST分析处理

Peaker

BasicLocalAlignmentSearchTool(BLAST)是一个序列相似性检索

比对的程序，BLAST经常被用于比较几组sequence序列之间的异同。

考虑到一个序列或一个蛋白的氨基酸序列，BLAST拥有的启发

式算法可以在两条序列之间找到短的匹配区段，然后试图开始从这些

“hotspot”热点上开始alignment排列匹配。BLAST也可以提供一些关

于alignment的统计信息，例如expectvalue期望值等。

BLAST是其中一个最广泛应用的生物信息工具，因为他有一些非

常简单且高效的应用。下面展示了一些经典的BLAST应用。

2.找到序列之间的功能和进化关系

3.寻找保守的一致性调控模式，例如启动子信号，剪切位

点，转录因子结合位点等。

4.基于一指的蛋白晶体结构提示蛋白功能。

5.帮助识别成员

如果你在生物信息领域工作，那么你可能经常需要运行一些

BLAST程序，那么Biopython可以提供一个非常有效的工具

BLASTRunningandProcessingwithBiopython

BLAST可以在NCBI主页上运行，也可以在本地计算机上运行。

在网上运行BLAST是设计一些sequence小工作量的很好的选择。但

是如果序列较大，工作量很多，那么可能需要利用服务器。而在python

语言中提供了这样一个工具包，可以实现通过运行BLAST。这个

工具包叫做blastall，属于Bio.Blast.NCBIStandalone模块。

下面是一个blastall的语句

blastall(blastexecutable,programname,database,inputfile,=

[align_view=7],[parameters])

这个函数返回的是一个包含两个文件对象的元组。第一个是真实

结果，第二个是BLAST的错误信息errormessage。大多数参数都是默

认的，我们可以通过一个代码详细的理解

在第五行代表运行了BLAST，为了获得结果，须通过

rh.readline()的方法来结果，如下图所示

返回的是一个XML格式文件，这个信息可以通过BioPython其他

的解析工具来进行解读。这里有另一个方法可以避免处理XML文件，

那就是强制blastall使用plaintext作为输出格式。

eh.readline()

$./blastall-pblastn-iseq3.txt-dTAIR8cds-m7

fh=open(’testblast.xml’,’w’)

fh.write(rh.read())

fh.close()

ReadingtheBLASTOutput

在解析和BLAST文件的时候，Biopython提供了一个有用的

解析工具，Bio.Blast.NCBIXML工具，这个parser解析器将BLAST输

出文件作为导入对象，返回了一个迭代器，每个循环中都有一个record

记录，如上所示。

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