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基于转录组和基因组数据筛选剑白香猪两头乌毛色的候选基因
目录
内容概括．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．2
1.1研究背景．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．2
1.2研究目的．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．3
1.3研究方法概述．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．3
材料与方法．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．5
2.1样本采集．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．5
2.2转录组测序与数据分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．7
2.3基因组测序与数据分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．8
2.3.1测序平台选择．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．9
2.3.2数据预处理．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．10
2.3.3变异检测．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．12
2.3.4基因变异关联分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．13
基于转录组数据的候选基因筛选．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．14
3.1差异表达基因分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．15
3.2功能富集分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．16
3.3候选基因初步筛选．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．17
基于基因组数据的候选基因筛选．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．21
4.1基因变异分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．23
4.2候选基因验证．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．24
4.2.1基因表达验证．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．25
4.2.2基因功能验证．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．27
候选基因的功能验证．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．27
5.1实验设计．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．28
5.2实验方法．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．29
5.2.1基因敲除或过表达．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．30
5.2.2表型分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．31
5.3结果分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．33
结果与讨论．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．34
6.1转录组数据分析结果．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．35
6.2基因组数据分析结果．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．36
6.3候选基因功能验证结果．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．38
6.4与已有研究的比较．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．39
1.内容概括
本文旨在通过整合转录组和基因组数据，针对剑白香猪两头乌毛色性状进行遗传分析，进而筛选相关的候选基因。研究过程包括收集和分析剑白香猪的遗传数据，利用生物信息学工具和算法对转录组和基因组数据进行深度挖掘。重点聚焦于与毛色相关的基因变异和表达模式，结合已有的生物学知识和研究成果，识别与剑白香猪两头乌毛色直接相关的候选基因。这不仅有助于深入了解剑白香猪的遗传背景和毛色形成的分子机制，也为今后对该物种的遗传改良和品种保护提供了重要的理论依据和基因资源。通过筛选得到的候选基因，将为后续的功能验证和
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