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常用生物医学数据库与分析软件介绍

目录

一、生物医学数据库．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．2

国内生物医学数据库．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．3

1.1中国生物医学文献数据库．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．4

1.2国家药物临床试验注册数据库．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．5

1.3中国疾病监测报告数据库．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．6

国外生物医学数据库．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．6

2.1PubMed数据库．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．8

2.2Scopus数据库．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．9

2.3WebofScience数据库．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．11

二、生物信息学分析软件．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．12

基因组学分析软件．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．13

1.1DNA序列分析软件．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．15

1.2RNA序列分析软件．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．17

1.3基因表达数据分析软件．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．18

蛋白质组学分析软件．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．20

2.1蛋白质序列分析软件．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．21

2.2蛋白质结构预测软件．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．23

2.3蛋白质相互作用分析软件．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．24

三、数据分析与可视化工具．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．26

生物统计软件．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．28

1.1SPSS统计软件介绍及应用案例．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．29

1.2SAS统计软件介绍及应用案例．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．30

1.3STATA统计软件介绍及应用案例．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．32

数据可视化工具软件介绍及应用案例．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．33

四、数据库与分析软件的联合应用案例解析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．35

一、生物医学数据库

生物医学数据库是生物医学领域研究人员不可或缺的工具，它们提供了大量的生物医学信息资源，包括基因序列、蛋白质结构、生物标志物、疾病模型、临床试验数据等。以下是一些常用的生物医学数据库及其特点：

GenBank

描述：由美国国家生物技术信息中心（NCBI）维护的公共数据库，包含了大量的核酸和蛋白质序列数据。

特点：是全球最大的基因序列数据库，数据更新迅速，提供了丰富的序列比对、同源搜索和分析工具。

UniProt

描述：收集了蛋白质序列和功能信息，是国际上最大的蛋白质数据库。

特点：提供了蛋白质序列、结构、功能、变异和注释等详细信息，支持多种语言访问。

PubMed

描述：由美国国立卫生研究院（NIH）资助，收录了超过3000万篇生物医学文献，是科研人员查找文献的重要资源。

特点：检索功能强大，支持关键词搜索、高级搜索和文献筛选等功能。

EMBL-EBI（EuropeanMolecularBiologyLaboratory-EuropeanBioinformaticsInstitute）

描述：位于英国剑桥的EMBL-EBI是一个国际性的生物信息学研究中心，提供了多种生物信息数据库和工具。

特点：包括序列数据库、结构数据库、功能注释数据库等，为科研人员提供全面的数据资源。

GEO（GeneExpressionOmnibus）

描述：由NCBI维护的基因表达数据库，存储了大量的基因表达数据。

特点：支持用户上传和分析基因表达数据，是研究基因表达模式的重要资源。

CancerGenomeAtlas（TCGA）

描述：美国国家癌症研究所（NCI）和NCBI合作的项目，