晶体学课程课件.ppt

同晶差值Patterson法(⊿Fiso)2=(kFPH-FP)2≈FH2Cos2(αPH-αH)反常差值Patterson法(⊿Fano)2=(FPH(+)-FP(-))2≈FH2Sin2(αPH-αH)优点是同一晶体的数据与比例因子无关，缺点是反常差一般比同晶差小，要求强度测量更精确加和差值Patterson法(⊿Fiso)2+(⊿Fano)2≈FH2这两者的加和近似一常数。同晶差贡献小的衍射点则反常差贡献就大。两者结合比单独使用任一种函数要好。联合差值（Matthews加和）|FH|2=|FP|2+|FPH|2–2|FP|×|FPH|{1-[(f’/f’’)(FPH(+)-FPH(-))/2|FP|]}1/2第69页,共91页，星期六，2024年，5月4.5.1.3共同原点由于各衍生物在确定重原子位置时所取的坐标原点不同，它们对相角会有影响，解决办法1用第一个重原子衍生物得到母体蛋白的初步相角，然后用差值Fourier方法确定第二个重原子衍生物的重原子位置，此时所得的第二个衍生物中重原子位置与第一个衍生物有相同的原点。ρ(xyz)=∑{|FPH2|-|FP|}exp[-2πi(hx+ky+lz)+iαP]2Rossmann法计算以(|FPH2|-|FPH1|)2为系数的Patterson加和(|FPH2|-|FPH1|)2={(|FPH2|-|FP|)-(|FPH1|-|FP|)}2={(⊿|F|iso)2-(⊿|F|iso)1}2这类Patterson图中有每个衍生物中的重原子自身的向量峰，而两种衍生物中的重原子间交叉向量表现为负峰，找到该交叉向量就可推出第二个衍生物中重原子按第一个衍生物所取的原点为原点时的正确位置。第70页,共91页，星期六，2024年，5月4.5.1.4重原子参数的修正1有好的FH(obs)则可用简单的最小二乘法修正，即令∑W[FH(obs)-FH(calc)]2为极小值。2相角修正。如果有初步的蛋白质相角αP,则用∑W[FPH(obs)-FPH(calc)]2为极小值,FPH(calc)=|FP(calc)+FH(calc)|第71页,共91页，星期六，2024年，5月4.5.1.5蛋白质相角按照一定的间隔（如30°）计算不同αp值下的该相角的几率，然后在最大几率的角度附近再按每5°的间隔计算该相角的几率，最终确定同晶置换相角。第72页,共91页，星期六，2024年，5月4.5.2分子置换法用已知的同源蛋白的分子结构，置换到待测晶体中目标分子的位置，得到晶体结构的初步模型，计算它的相角，再从电子密度图进一步改进模型。空间两个相同的分子X2，X1，一定可以通过旋转和平移使两个分子重合。X2＝[C]X1＋d[C]就是旋转矩阵，d就是平移向量。模型分子的选取，根据氨基酸序例比较，同源性越高得到正确解的可能性越大。模型分子结构精度越高越容易得到正确解。残基不同则可用ALA或GLY取代。如果有大段的插入，则可把它删去。由于目标分子结构并不知道，所以不可能用相应原子的坐标去叠合，只能用分子的某些特性去叠合。分子置换法就是利用分子内原子间的向量峰来叠合，如果两个分子相似，则它们分子内原子间向量峰就很相似。第73页,共91页，星期六，2024年，5月4.5.2.1旋转函数R(α,β,γ)＝∫vP1(X)P2([C]X)dXP1是已知分子结构的模型晶胞的Patterson函数P2是待测分子的晶胞的Patterson函数这是交叉旋转函数，就是将两个Patterson矢量峰叠合，当两个分子取向一致时两个Patterson函数的乘积就会得到最大值，形成高峰。自身旋转函数。如果P1，P2都是目标晶胞的Patterson函数，则称为自身旋转函数。它可用来研究不对称单位内有多个分子或亚基时的取向关系，也就是非晶体学对称性。自身向量峰即一个分子内的原子间向量峰，这是最能反映分子本身结构特点的向量峰。旋转函数计算时要要尽量避免交叉向量峰，即分子间的原子间的向量峰。第74页,共91页，星期六，2024年，5月如何避免交叉向量峰？模型晶胞的选取：模型晶胞越大，则它的分子间Patterson向量峰离原点越远，因此，在一定的积分半径范围内，分子间的交叉向量峰越少，但计算工作量加大。这两者要取得平衡。一般取分子最小径线＋积分半径＋分辨率积分半径：分子线度60-80%，分子直径75-80%在计算交叉旋转函数时一般用尤拉角坐标系θ1，θ2，θ3在计算自身旋转函数时一般用球极坐标系(φ,ψ,κ)第75页,共91页，星期六，2024年，5月4.5.2.2平