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DNA生物学的“建筑材料”生物学家埃里克·温弗里谈DNA独特的化学特性--第1页
DNA:生物学的“建筑材料”
——生物学家埃里克·温弗里谈DNA独特的化学特性
方陵生/编译
电子计算机的威力人所尽知,但涉及到与物理世界有关的复杂任务——比如某种昆虫的构成——还得寄望于对DNA的
深入研究。曾于2000年获得“麦克阿瑟天才奖”的埃里克·温弗里(ErikWinfree),一直在潜心研究存储遗传生命信
息的DNA;而人类的细胞正是利用这类遗传分子的信息来构建蛋白质,形成了我们的身体结构并做着与生命存在相关的几
乎所有工作。目前,温弗里正在利用DNA独特的化学特性,旨在使其像计算机那样来处理信息(被称为DNA分子计算或DNA
分子编程的新颖学科),甚至以DNA分子为“脚手架”构建起有用的结构。不久前,温弗里就其对生命起源的理解以及DNA
的化学特性对未来可能产生的影响,接受了《发现》杂志资深编辑斯蒂芬·卡斯(StephenCass)的采访。
埃里克·温弗里
旨在对分子进行编程
卡斯:您所从事的研究领域是生物分子计算,具体是些什么呢?
温弗里:对于不同的研究者来说,具体研究对象也有所不同。对于我来说,意味着去弄明白这样的问题,即化学系统
也可以进行信息处理,也可以通过设计去执行和完成多种任务。我的一个研究思路就是类推法:我们可以设计出执行各种
信息处理任务的计算机,当这些计算机与电子机械控制系统连接在一起时,往往能够发挥出特殊的作用。例如,你可以从
一台摄像机获得输入信息,你也可以将信息输出到电动机上。生物分子计算的目标是要开发出用于化学系统和分子级别的
类似控制方法,研究如何对一组分子进行编程以及执行一系列的指令。
卡斯:您是如何开始对这一新颖而奇特的研究领域产生兴趣的?
温弗里:我对生物学和计算机之间的联系开始感兴趣是在1980年代初期,那时我正在上高中。我当时在苹果II型电
脑上学习编程,同一时期我还阅读了一些书籍,如理查德·道金斯(RichardDawkins)的《自私的基因》,这些东西在
我的大脑里逐渐融合起来,并就如何对生物系统进行编程让我产生了浓厚的兴趣——去做进化所做的事情。我对与生物学
有关的一切都很感兴趣,特别是与神经科学有关的。譬如大脑是如何工作的?同时我对各种算法也产生了兴趣。在芝加哥
大学我修习了数学和理论计算机科学,在加州理工学院读研究生时,对机器人技术的神经网络产生了兴趣。后来我对南加
州大学计算机科学家伦纳德·阿德尔曼(LeonardAdleman)关于DNA计算的研究进行了陈述,这是对分子系统和计算机
之间联系的一种全新思路。这不仅仅是理论科学家的事,在这个领域内,你完全可以将分子算法的理论付诸实施,并在实
验室中加以测试。
卡斯:在您的家族中,您不是第一个获得“麦克阿瑟奖”的人,您的父亲亚瑟·温弗里(ArthurWinfree)1984年以
将应用数学应用到生物学上的成就获得该奖项。他是如何影响您的?
温弗里:在我成长的过程中,他不是一位获奖者,只是一位父亲,也许是一位有些古怪的父亲。他喜欢将各种东西展
示给我们看,使我养成了一种从不轻信任何事情的习惯,因为父亲总是让我们要有自己的看法,培育我们独立思考的能力。
我小时候遇到的许多父亲的朋友,最终他们也都成为了“麦克阿瑟奖”的获得者,所以在我成长的过程中,他们独创性的
思维方式在我看来是很正常的。
卡斯:这些“麦克阿瑟奖”获得者一直在影响着你,是吗?
DNA生物学的“建筑材料”生物学家埃里克·温弗里谈DNA独特的化学特性--第1页
DNA生物学的“建筑材料”生物学家埃里克·温弗里谈DNA独特的化学特性--第2页
温弗里:我与他们的交往有些是出于偶然,有的则不是。我曾在数学家斯蒂芬·沃尔弗拉姆(StephenWolfram,开
发了很有影响力的数学软件包)手下工作了一年,在此之前,我是在
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