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唾液乳杆菌的分离鉴定及其全基因组分析
目录
内容简述．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．3
1.1研究背景与意义．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．3
1.2研究目的与任务．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．4
1.3国内外研究现状与发展趋势．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．5
材料与方法．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．6
2.1实验材料与仪器．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．7
2.2微生物培养基．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．8
2.3分离技术．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．9
2.4鉴定技术．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．10
2.5全基因组测序方法．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．11
2.6数据分析方法．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．12
唾液乳杆菌的分离鉴定．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．13
3.1样本采集与处理．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．14
3.2分离培养过程．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．16
3.3形态学观察．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．17
3.4生理生化特性分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．18
3.5分子生物学鉴定．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．19
3.5.116SrRNA基因序列测定．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．20
3.5.2dnaDNA提取与PCR扩增．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．21
3.5.3序列比对与系统发育分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．27
3.5.4构建进化树．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．28
3.6抗生素敏感性测试．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．29
唾液乳杆菌的全基因组分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．30
4.1基因组DNA提取．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．31
4.2高通量测序平台选择与准备．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．32
4.3组装与注释．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．34
4.3.1基因组组装．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．34
4.3.2功能注释与预测．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．35
4.3.3转录组测序数据获取．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．36
4.4基因组结构与功能分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．38
4.4.1基因组重复序列分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．39
4.4.2基因组复制起点识别．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．40
4.4.3基因组注释结果整合．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．41
4.4.4基因表达模式分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．42
4.5基因组变异与进化分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．43
4.5.1单核苷酸多态性(snp)分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．44
4.5.2插入缺失序列(indels)分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．45
4.5.3全基
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