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2025病原微生物宏基因组测序生物信息分析及报告质量控制专家共识

病原微生物宏基因组测序(metagenomicnext-generationsequencing,mNGS)以其测序通量高和测序非靶向的特点在临床疑难、混合、罕见和新发病原微生物感染的诊治中发挥了重要作用。但庞大的数据量和复杂的临床情况增加了生物信息分析的难度，尤其是在质量保证、生物学意义及临床判读的准确性方面。为提高测序后生物信息分析方法的规范和质量以及报告的临床可靠性和诊断价值，中华医学会检验医学分会组织相关专家在系统性复习文献的基础上，结合临床实践需求，通过德尔菲专家函询及专家论证会，最终形成《病原微生物宏基因组测序生物信息分析及报告质量控制中国专家共识》。本共识明确规定了对临床疑似感染标本宏基因组测序后所获数据的生物信息分析和判读的技术要求，包括数据质量控制、

数据库构建、数据分析方法和报告解读与审核等。本共识适用于利用宏基因组测序方法进行临床感染标本中病原微生物测定的医疗机构。

一、共识形成方法

(一)循证专家遴选

本共识由中华医学会检验医学分会组织编写，遴选来自国内23家医疗机构检验科和指南科学性(scientificity)、透明性(transparency)和适用性(applicability的评级(rankings简称STAR委员会的专家共35名，分为循证组(18名)和撰写组(27名)2组，分别负责循证文献调研、使用者调查、专家函询、证据收集和共识的起草、修订以及互审和完稿。

函询及论证会专家纳入标准：(1)从事感染性病原微生物高通量测序检测和应用相关专业领域工作；(2)10年及以上相关工作经历；(3)硕士及以上学历；(4)自愿参与本研究。

(二)循证过程及结果

1.循证方法：共召开4次线上和2次现场专家论证会和3轮专家函询。启动会论证了共识的临床需求、解决的重点问题和最终目标。专家就循证结果和正文第一、第二稿互审，提出意见、建议，包括证据来源、证据强度、推荐意见描述、推荐意见和修改意见等36项，正文经过10轮修订，汇总后形成6稿。通过函询获得新的意见和建议，由全体专家充分讨论，针对每条推荐意见的细节查阅文献、推敲语句，确认无异议后，形成本共识终稿。

2.制订函询问卷：基于共识第3稿，设计专家函询问卷；函询后组织专家会议，共有30位专家参加了现场和线上结合的研讨会。

3.函询结果：两轮函询专家积极系数均为100%,专家权威系数均为0.88。每个指标的重要性赋值均数均3.5分，且第二轮指标变异系数均0.25,两轮函询肯德尔和谐系数分别为0.30和0.39,差异均有统计学意义(P0.01)。两轮函询发放问卷42份，问卷有效回收率为100%。第二、三轮函询分别有40和20名专家提出修改意见。

(三)证据等级和推荐强度的分级定义

1.证据等级：A为来自随机对照试验或行业及以上标准；B来自文献或专家共识支持：C基于专家经验及常识判断。

2.推荐强度：推荐强度根据专家投票表决结果分为强推荐、推荐和未达成共识3个级别，I为同意率(即选择同意的专家人数比例)90%(即强推荐),Ⅱ为70%~90%(即推荐),Ⅲ为70%(即该条推荐建议未达成共识)。

二、术语和定义

1.病原微生物宏基因组测序：直接对机体环境中的所有微生物DNA或RNA测序的技术。其特点是通量高和覆盖所有微生物基因组，得到的数据更加完整，既不是包含对某个特定微生物种群的靶向，也不是对特定种类微生物群的单一性测序，而是通过对基因组水平微生物群体的多样性和丰度的解读明确微生物与环境和宿主之间的关系。

2.低质量序列：mNGS检测中测序下机数据中存在的不符合数据质控要求的序列，通常包括接头污染、低质量的末端序列、含N碱基数量过多的序列以及噪音和杂质等。

3.标签跳跃：在高通量测序过程中，通常在使用多重索引标签的测序实验时，因接头退火错误、未连接接头干扰和扩增过程中DNA断裂等原因引起测序接头序列的错误连接，使原本具有样本特异性的标签序列错误地连

接到其他样本上，从而导致测序数据不能正确拆分为对应样本的情况。

4.宿主基因组序列：指宿主生物体内的全部遗传物质的序列。病原微生物的宿主基因组序列通常指人类基因组核酸片段，这些片段可影响微生物群落组成的统计分析和检验结果的准确性。

5.参考菌株基因组：微生物数据库中可用于比对并鉴定微生物物种类别的参考基因组序列，是识别出导致感染性疾病的关键因素，或发现新的抗生素靶标的依据。

6.比对：指将测序所得序列与数据库中已知物种参考基因组序列对比，从而识