比较基因组学与分子进化.ppt

*与真核生物比较细胞遗传信息传递：转录和翻译系统；分泌系统；比较基因组学研究在进化系统树上，古细菌与真核生物亲缘关系比原核生物更近。在自养生物的三个分支，细菌、古细菌和真核生物中，细菌的分化发生较早。back第25页，共59页，星期日，2025年，2月5日模式生物与比较基因组学研究模式生物原核生物酵母线虫果蝇小鼠、人类拟南芥、水稻、玉米、小麦第26页，共59页，星期日，2025年，2月5日模式生物modelorganism生物的一个物种species，在研究生命现象的过程中长期、反复地被作为研究材料其许多生命活动规律往往代表了许多物种共同的规律对其形态、解剖、生理、生化、细胞及遗传进行全面分析和归纳将对其研究中得出的规律，推演到相关的生物物种中，以加快其他各种生物研究的步伐。第27页，共59页，星期日，2025年，2月5日模式生物具备的基本条件容易培养，成本低廉，随时获取以供实验研究，繁殖周期短；能在短时间内产生大量的后代，满足研究分析的需求；十分方便地取得种内的遗传变异体；已经过长期研究取得该物种的丰富背景信息。模式生物modelorganism第28页，共59页，星期日，2025年，2月5日模式生物基因组研究特点“压缩”的基因组：基因组通常比较小，编码基因比例较高，重复序列和非编码序列较少；模式生物基因组中G+C%含量高，同时CpG岛的比例也比较高；在模式生物特别在人的基因组中发现了重复duplication；模式生物modelorganism第29页，共59页，星期日，2025年，2月5日4在各种不同的物种中,大多数的重要生物学功能是由相当数量的同源序列基因(Orthologous)蛋白承担；5同线(synteny)连锁的同源基因在不同物种基因组中有相同连锁关系；6生物体的复杂性一般表现在“生物学”的复杂性,与基因组的C值大小及基因数量未必一定呈线性关系--C值悖论。模式生物基因组研究特点模式生物modelorganism第30页，共59页，星期日，2025年，2月5日原核模式生物比较基因组学基因组大小影响了基因数目还是基因尺度？尿殖道支原体--已知最小的基因组0.58Mb，由此确定能自我复制的细胞必需的一套最少的核心基因流感嗜血杆菌的基因组为1.83Mb第31页，共59页，星期日，2025年，2月5日基因大小：流感嗜血杆菌基因平均900bp，尿殖道支原体的基因为1040bp，差不多；基因密度：流感嗜血杆菌中平均1042bp有1个基因，尿殖道支原体中平均1235bp有1个基因；基因数量的差异：流感嗜血杆菌基因组有1743个ORF，而尿殖道支原体只有470个ORF。原核模式生物比较基因组学基因组大小影响了基因数目还是基因尺度？比较尿殖道支原体与流感嗜血杆菌这两个亲缘关系较远的生物基因组，选取其共同的基因（共240个）；再加上一些其他基因，组成一套含256个基因的最小基因组。第32页，共59页，星期日，2025年，2月5日酿酒酵母基因组—最简单的真核生物基因组：12,068kb，比单细胞的原核生物和古细菌大一个数量级；基因数：ORF5887，比原核生物和古细菌要多很多；基因密度：1个基因/2kb，密度小于流感嗜血杆菌和尿殖道支原体。酿酒酵母--最小的真核基因组裂殖酵母其次：密度是1/2.3kb，13.8Mb线虫：简单多细胞生物，基因密度为1/30kb。内含子：酿酒酵母4%的编码基因有内含子，裂殖酵母有40%编码基因有内含子。第33页，共59页，星期日，2025年，2月5日酵母---良好的实验系统单细胞，可在特定的培养基上生长，能够完全控制其化学和物理环境。酵母的生命周期也很适合被用来作遗传分析，可以构建一套16条染色体单倍型的详尽的图谱。可将其6000个基因中的任何一个用突变的等位基因替代或准确地从基因组中缺失。第34页，共59页，星期日，2025年，2月5日线虫简单多细胞生物减数分裂细胞核外形细胞分裂胚胎形态的发育第35页，共59页，星期日，2025年，2月5日果蝇基因组果蝇基因组全长120mb，2/3是euchromatin，1/3是heterochromatin；BlastSearch确定有14113个转录产物（功能基因）。

??Science,287:2185-2195(2000)第36页，共59页，星期日，2025年，2月5日人类基因组的一个片段第37页，共59页，星期日，2025年，2月5日第38页，共59页，星期日，2025年，2月5日第39页，共59页，星期日，