真核生物基因结构的预测分析方法(软件).pptVIP

1实习二真核生物基因结构的预测分析浙江加州国际纳米技术研究院2010年11月苏锟楷楼小燕韩序蒋琰

2实习一基因组数据注释和功能分析实习二真核生物基因结构的预测分析实习三芯片的基本数据处理和分析实习四蛋白质结构与功能分析实习五蛋白质组学数据分析实习六系统生物学软件实习课程内容基因组学转录物组学蛋白质组学系统生物学

3基因组序列cDNA序列编码区预测CodonbiasGCContent限制性酶切位点基因结构分析选择性剪切转录调控因子序列比对功能注释KEGGGO系统发育树蛋白质序列翻译蛋白质理化性质二级结构预测结构域分析重要信号位点分析三级结构预测基因组功能分析

4真核生物基因的主要结构

5基因结构分析开放读码框GENSCANGENOMESCANCpG岛CpGPlot转录终止信号POLYAH启动子/转录起始位点PromoterScan密码子偏好分析CodonWmRNA剪切位点NETGENE2Spidey选择性剪切ASTD基因结构分析常用软件

6开放读码框的识别开放读码框〔openreadingframe,ORF)是一段起始密码子和终止密码子之间的碱基序列ORF是潜在的蛋白质编码区

7基因开放阅读框/基因结构分析识别工具ORFFinder/gorf/gorf.htmlNCBI通用BestORF/berry.phtml?topic=bestorfgroup=programssubgroup=gfindSoftberry真核GENSCAN/GENSCAN.htmlMIT脊椎、拟南芥、玉米GeneFinder/tools/genefinder/Zhanglab人、小鼠、拟南芥、酵母FGENESH/berry.phtml?topic=fgeneshgroup=programssubgroup=gfindSoftberry真核(基因结构)GeneMark/GeneMark/eukhmm.cgiGIT原核GLIMMER/genomes/MICROBES/glimmer_3.cgi/software/glimmerMaryland原核Fgenes/berry.phtml?topic=fgenesgroup=programssubgroup=gfindSoftberry人（基因结构）FgeneSV/berry.phtml?topic=virusgroup=programssubgroup=gfindvSoftberry病毒Generation/generation/ORNL原核FGENESB/berry.phtml?topic=fgenesbgroup=programssubgroup=gfindbSoftberry细菌（基因结构）GenomeScan/genomescan.htmlMIT脊椎、拟南芥、玉米GeneWise2http://www.ebi.ac.uk/Wise2/EBI人GRAIL/grailexp/ORNL人、小鼠、拟南芥、果蝇

8ORF识别：GENSCAN结果返回到邮箱（可选）提交序列提交序列文件运行GENSCAN显示氨基酸或CDS序列序列名称（可选）是否显示非最优外显子选择物种类型

99GENSCAN输出结果：文本

1010GENSCAN输出结果：图形

11ORF识别：GenomeScan提交待分析序列提交同源蛋白质序列运行GenomeScan

12GenomeScan输出结果：文本预测外显子位置、可信度等信息同源比对信息预测结果的氨基酸序列

13GenomeScan输出结果：图形

14课堂练习1使用GENESCAN预测序列中可能的ORF。2使用GENOMESCAN预测序列中可能的ORF。练习用的序列文件在c:\zcni\shixi2文件下，名字为clone.fasta，使用写字板翻开查看。

15转录调控序列分析

CpG岛、转录终止信号和启动子区域的预测

16CpG岛的预测CpG岛常位于真核生物基因转录起始位点，GC含50%，长度200bp的一段DNA序列。

17CpGIsland分析常用软件CpGIsland/cpgislands2/cpg.aspxWebCpGPlothttp://www.ebi.ac.uk/emboss/cpgplot/index.htmlWebCpGfinder/berry.phtml?topic=cpgfindergroup=programssubgroup=promoterWebCpGi130/CpG130.dowebCpGproDhttp://pbil.univ-lyon1.fr/software/cpgprod_query.htmlweb

提交序列文件提交序列参数选项CpG岛的预测：CpGPlot

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