基于核型及转录组的钩盲蛇多倍化研究.pdf

目录

摘要V

ABSTRACTVIII

1绪论1

1.1多倍体概述1

1.1.1多倍化现象1

1.1.2多倍体爬行动物2

1.2钩盲蛇概况4

1.2.1钩盲蛇简介4

1.2.2钩盲蛇研究进展5

1.3全长转录组测序6

1.3.1全长转录组测序技术6

1.3.2Iso-Seq在多倍体生物中的应用7

1.4组织转录组比较研究8

1.5本研究的目的、意义及创新之处9

1.5.1研究目的9

1.5.2研究意义10

1.5.3本研究的创新之处10

2钩盲蛇核型分析11

2.1引言11

2.2材料和方法11

2.2.1实验材料和仪器11

2.2.2染色体标本制备13

2.2.3染色体标本染色13

2.2.4染色体核型分析14

2.3结果与分析15

2.3.1染色体数目统计15

2.3.2染色体核型分析16

2.3.3Ag-NORs分析18

2.3.4G带分析19

2.4小结与讨论21

3钩盲蛇全长转录组测序分析23

3.1引言23

3.2材料和方法23

3.2.1实验材料23

3.2.2总RNA提取23

3.2.3文库构建与上机测序24

3.2.4原始测序数据质控25

3.2.5全长转录本构建26

3.2.6蛋白质编码区预测27

3.2.7全长转录组功能注释27

3.2.8SSR和TF预测28

3.3结果与分析29

3.3.1RNA提取与质控29

3.3.2原始测序数据统计30

3.3.3污染序列鉴定32

3.3.4全长转录本数据统计32

3.3.5转录组完整性评估33

3.3.6CDS预测结果34

3.3.7转录组功能注释结果35

3.3.8SSR和TF预测结果39

3.4小结与讨论41

4钩盲蛇全长转录组多倍化分析43

4.1引言43

4.2材料和方法43

4.2.1RNA提取及全长转录组测序43

4.2.2基因家族鉴定43

4.2.3系统进化分析44

4.2.4分歧时间估算45

4.2.5钩盲蛇亚基因组分歧时间45

4.2.6基因拷贝数分析46

4.2.7Ks分析46

4.3结果与分析47

4.3.1基因家族鉴定47

4.3.2物种进化树48

4.3.3分歧时间估算48

4.3.4基因拷贝数分析49

4.3.5Ks分析50

4.4小结与讨论51

5钩盲蛇组织转录组对比分析53

5.1引言53

5.2材料和方法53

5.2.1RNA提取与RNA-Seq53

5.2.2样本间相关性分析53

5.2.3组织基因表达分析54

5.2.4GO和KEGG功能富集分析54

5.3结果与分析54

5.3.1RNA-Seq测序数据54

5.3.2组织特异性基因分析56

5.3.3差异表达基因分析58

5.3.4GO和KEGG功能富集分析59

5.4小结与讨论61

6结论与展望63

参考文献65

致谢79

攻读硕士学位期间主要研究成果80

贵州师范大学学位论文原创性声明81

贵州师范大学学位论文使用授权书81