基因组学理论课 第四节 数据库与数据检索.pptx

第四节数据库与数据检索;一、重要生物信息中心简介;1．分子生物信息数据库发展简史;1982年，第一个DNA序列数据库在欧洲分子生物学实验室（EMBL）诞生，随即就开始了一个数据库爆炸的时代。

不久，美国洛斯阿拉莫斯（LosAlamos）国家实验室建立了GenBank。1988年，美国组建了国家生物技术信息中心（NationalCenterforBiotechnologyInformation，NCBI），并正式接管了GenBank。

日本的DNA数据库（DDBJ）于1984年在三岛市建成。

GenBank、EMBL和DDBJ现在已组成国际核苷酸序列数据库合作体，每日进行数据交换。;2．分子生物信息数据库分类;（1）

基

于

数

据

类

型;（2）根据物种类型;人类基因组数据库;（3）从数据库的数据来源

－－分为一级数据库和二级数据库;二级数据库：

是在一级数据库、实验数据和理论分析的基础上针对特定目标衍生而来，

是对核酸和蛋白质序列、基因组图谱、蛋白质结构及文献等数据进行进一步分析、整理、归纳、注释，

而构建成的具有特殊生物学意义和专门用途的次级数据库，如GeneCard。;3．核酸序列数据库;GenBank?istheNIHgeneticsequencedatabase,anannotatedcollectionofallpubliclyavailableDNAsequences

GeneticSequenceDataBankFebruary15,2008NCBI-GenBankFlatFileRelease164.0DistributionReleaseNotesloci,85,759,586,764bases,from82,853,685reportedsequences

Thereareapproximately106,533,156,756basesin108,431,692sequencerecordsinthetraditionalGenBankdivisionsand148,165,117,763basesin48,443,067sequencerecordsintheWGSdivisionasofAugust2009.;美国国立生物技术信息中心（NationalCenterforBiotechnologyInformation，NCBI）维护；

内容：汇集了所有公开的核酸和蛋白质序列的数据库，并提供相关的文献目录和生物学注释

数据来源：测序工作者直接提交、测序中心成批发送或与其它数据机构协作交换数据而来；;GenBank、EMBL-Bank、DDBJ是国际主要的核苷酸数据库，都可以独立地接受数据提交，并每日交换信息。

查询检索：可通过互联网上的序列提取系统（Entrez）完成；

递交数据：直接递交。递交者可以通过NCBI提供的Sequin软件工具，把数据整理成一定的格式向GenBank递交数据；

;

NCBI的数据库;NCBIEntrez信息检索系统;Entrez浏览器：是由美国国家生物技术信息中心（NCBI）构建的一套综合了数据库、索引和访问工具的服务器;Genbank数据表;序列数据结构;（2）EMBL;;（3）DDBJ;1．文献检索;用Limit限定检索的出版日期、物种、出版物类型、特定领域、语种、性别、年龄组、或子集等;Advancedresearch

用ResearchBuilder菜单选择子集

用History菜单浏览以前的检索查询

;PubMed查询结果的显示选择框（Display）中有40种可选显示方式;例：检索2008年1月到12月发表在Science杂志上的禽流感（Avianinfluenza）相关文献

1）使用AdvancedResearch功能

2）在Title/Abstract内查找，输入检索关键词“Avianinfluenza”；杂志为Science;3）然后再启用Limit功能，将检索目标限定在2008年1月到12月;4）结果显示发表在“Science”杂志上与Avianinfluenza高度相关的文献1篇;PubMed查询结果的Abstract显示方式;2．数据库检索－－核酸序列检索;核酸序列检索;1）在Entrez主页（http：///Entrez/）进入Nucleotide数据库，搜索目标数据库选择Nucleot