蛋白质组成成分和氨基酸.pptVIP

三、超二级结构和结构域（一）超二级结构蛋白质分子中的多肽链在三维折叠中形成有规则二级结构聚集体，如α-螺旋聚集体（αα型）、β-折叠聚集体（βββ型）以及α-螺旋和β-折叠的聚集体，常见的是βαβ型聚集体。在球状蛋白质中常见的是两个βαβ聚集体连在一起，形成βαβαβ结构，称为Rossmann卷曲。这种由二级结构间组合的结构层次称为超二级结构。超二级结构一般以一个整体参与三维折叠，作为三级结构的构件。（二）结构域结构域（structuraldomain）是介于二级和三级结构之间的另一种结构层次。所谓结构域是指蛋白质亚基结构中明显分开的紧密球状结构区域，又称为辖区。多肽链首先是在某些区域相邻的氨基酸残基形成有规则的二级结构，然后，又由相邻的二级结构片段集装在一起形成超二级结构，在此基础上多肽链折叠成近似于球状的三级结构。四、蛋白质的三级结构蛋白质的三级结构及其特点蛋白质的三级结构（tertiarystructure）是指多肽链在二级结构、超二级结构以及结构域的基础上，进一步卷曲折叠形成复杂的球状分子结构。三级结构包括多肽链中一切原子的空间排列方式。维持这种特定构象稳定的作用力主要是次级键，它们使多肽链在二级结构的基础上形成更复杂的构象。肽链中的二硫键可以使远离的两个肽段连在一起，所以对三级结构的稳定也起到重要作用。蛋白质的三级结构有以下共同特点：1具备三级结构的蛋白质一般都是球蛋白，都有近似球状或椭球状的外形，而且整个分子排列紧密，内部有时只能容纳几个水分子。2大多数疏水性氨基酸侧链都埋藏在分子内部，它们相互作用形成一个致密的疏水核，这对稳定蛋白质的构象有十分重要的作用，而且这些疏水区域常常是蛋白质分子的功能部位或活性中心。大多数亲水性氨基酸侧链都分布在分子的表面，它们与水接触并强烈水化，形成亲水的分子外壳，从而使球蛋白分子可溶于水。维持蛋白质构象的作用力01蛋白质的构象包括从二级结构到四级结构的所有高级结构，其稳定性主要依赖于大量的非共价键，又称次级键，其中包括氢键、离子键、疏水键和范德华力。此外，二硫键也在维持蛋白质空间构象的稳定中起重要作用。主要的次级键有以下几种：02氢键由一个极性很强的XH基上的氢原子与另一个电负性强的原子Y（如O、N、F等）相互作用形成的一种吸引力，本质上仍属于弱的静电吸引作用。氢键是保持肽链折叠结构的主要因素。离子键带相反电荷的基团之间的静电引力，也称为静电键或盐键。蛋白质的多肽链由各种氨基酸组成，有些氨基酸残基带正电，如赖氨酸和精氨酸，有些氨基酸残基带负电，如谷氨酸和天冬氨酸。带相反电荷的基团，如羧基和氨基、胍基、咪唑基等基团之间都可以形成离子键。疏水键蛋白质分子含有许多非极性侧链和一些极性很小的基团，这些非极性基团避开水相互相聚集在一起而形成的作用力称为疏水键（hydrophobicbond），也称疏水作用力。这种疏水相互作用在维持蛋白质的三级结构中也起到重要作用。12范德华力范德华力（VanderWaalsinteractions）是一种非特异性引力，任何两个相距0.3～0.4nm的原子之间都存在范德华力，范德华力比离子键弱，但在生物体系中却是非常重要的。测定C-末端氨基酸常用的方法有肼解法和还原法等。肼解法的原理为：多肽链和过量的无水肼在100℃反应5～10h，所有肽键被水解，除C-末端氨基酸自由存在外，其他氨基酸都转变为氨基酸酰肼。拆开二硫键并分离出每条多肽链拆开二硫键最常用的方法是用过甲酸（即过氧化氢＋甲酸）将二硫键氧化，或用过量的β-巯基乙醇处理，将二硫键还原。还原法应注意用碘乙酸（烷基化试剂）保护还原生成的半胱氨酸中的巯基，以防止二硫键的重新生成。分析每条多肽链的N-末端和C-末端残基取每条多肽链的部分样品进行N-末端和C-末端氨基酸的鉴定，以便建立两个重要的氨基酸顺序参考点。方法如前所述。0201用两种不同方法将肽链专一性地水解成两套肽段并进行分离1将每条多肽链用两种不同方法进行部分水解，这是一级结构测定中的关键步骤。目前用于顺序分析的方法一次能测定的顺序都不太长，然而天然的蛋白质分子大多在100个残基以上，因此必须设法将多肽断裂成较小的肽段，以便测定每个肽段的氨基酸顺序。水解肽链的方法可采用酶法或化学法，通常是选择专一性很强的蛋白酶来水解。2Trypsin：R1=赖氨酸Lys和精氨酸Arg侧链（专一性较强，水解速度快）。肽链水解位点胰蛋白酶糜蛋白酶肽链水解位点或胰凝乳蛋白酶（Chymotrypsin）：R1=苯丙氨酸Phe,色氨酸Trp,酪氨酸Tyr;亮氨酸Leu，蛋氨酸Met和组氨酸His水解稍慢。肽链水解位点胃蛋白酶Pe