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甜橙MYC转录因子家族全基因组生物信息学研究

目录

甜橙MYC转录因子家族全基因组生物信息学研究（1）．．．．．．．．．．．．．3

一、内容简述．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．3

1.1研究背景与意义．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．3

1.2文献综述及研究现状．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．5

二、材料与方法．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．6

2.1实验材料．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．7

2.1.1甜橙样本的选取与准备．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．8

2.1.2数据来源及处理方式．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．9

2.2分析工具及技术路线．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．10

2.2.1主要分析软件介绍．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．11

2.2.2技术流程概述．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．13

三、结果与讨论．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．13

3.1MYC转录因子家族成员鉴定．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．14

3.1.1基因序列比对分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．16

3.1.2蛋白质结构域识别．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．18

3.2系统发育树构建与分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．19

3.2.1进化关系探讨．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．20

3.2.2物种间比较研究．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．21

3.3表达模式分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．22

3.3.1不同组织中的表达量变化．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．24

3.3.2对环境刺激的响应特性．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．25

四、结论与展望．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．27

4.1研究总结．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．28

4.2未来研究方向及应用前景．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．29

甜橙MYC转录因子家族全基因组生物信息学研究（2）．．．．．．．．．．．．30

内容概览．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．31

1.1研究背景．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．31

1.2研究意义．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．32

1.3研究方法概述．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．33

甜橙MYC转录因子家族概述．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．35

2.1MYC转录因子家族的基本特征．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．36

2.2甜橙MYC转录因子的功能与作用机制．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．37

2.3甜橙MYC转录因子家族在甜橙生长发育中的作用．．．．．．．．．．．．．38

全基因组测序与数据分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．40

3.1全基因组测序技术．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．42

3.2数据预处理与质量控制．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．43

3.3基因注释与功能预测．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．45

甜橙MYC转录因子家族成员鉴定．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．45

4.1基因结构分析．．