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2023感染科NGS检测的意义及解读

近年来，随着高通量测序技术，也称新一代(或下一代)测序技术(NGS)的迅

猛发展，在操作流程不断简化、检测通量不断增长的同时，检测成本也大大

降低，使其在感染病原体检测中呈现出一定的技术优势，并得到越来越广泛

的应用。当前，基于NGS鉴别微生物的主要方式有两种：宏基因组测序

(mNGS)与病原体靶向测序(tNGS)。

病原宏基因组检测，无需预设，无需培养，无偏好性，直接提取临床样本中

的DNARNA,进行高通量测序，经过专用病原数据库比对与分析，一次性

x

完成细菌、真菌、病毒和寄生虫等病原体的检测。基于病原体核酸序列盲测

的mNGS技术横空出世，成为感染病诊断的利器。

01指南共识推荐

mNGS经历快速发展的五年，被引入多部共识/指南。最新共识均推荐

mNGS病原学诊断重要方法，包括《中国宏基因组学第二代测序技术检测

感染病原体临床应用专家共识》、《高通量宏基因组测序技术检测病原微

生物的临床应用规范化专家共识》、《宏基因组高通量测序技术应用于感

染性疾病病原检测中国专家共识》等。

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其中《中国宏基因组学第二代测序技术检测感染病原体临床应用专家共识》

推荐mNGS作为新发、罕见、疑难感染性疾病一线检测手段。推荐内容如

下：

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推荐意见（强烈推荐，）:对于呼吸道感染，二代测序在病毒及少见病

原体的检测中体现出较好的检测效能；但在细菌、真菌等病原体的检测中，

二代测序尚不能准确判断菌群定植或感染状态，仍需依赖临床医师结合患者

病情进行进一步分析。

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推荐意见强烈推荐，）：对于新发.罕见.疑难感染性疾病，以及免

疫缺陷患者，二代测序能显著提高病原体的检出率，可作为上述疾病的一线

检测手段。

存在的问题

01数据量的问题

可能存在病原体数据量不够被背景序列淹没的情况，人源核酸含量

越高,mNGS敏感性越低，病原体检出序列数越少，甚至导致假阴

性。

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02结果解读的痛点

阈值设定、结果解读困难，因此亟待解决核心技术难题，要解决阳性阈值

的设定，排除背景序列的影响，结合临床症状、流行病学进行解读。

03灵敏度低的难题

为解决这一问题，可采取核酸富集技术，包括反向富集和正向富集，反向

富集检出灵敏度低，背景噪音高。正向富集相对效果较好，进行探针捕获

和多重PCR扩增子的比较,发现探针杂交优势有Pane1覆盖度高，无偏

倚捕获，具有容错机制。

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