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基于文献的生物医学知识发现方法与工具

内容Swanson关联研究及其工具Arrowsmith的使用Bitola的使用生物医学信息检索技巧

发表文献研究深入知识分裂文献量

一、Swanson的知识发现法的背景Swanson教授认为:客观知识的总量与人类吸收知识的能力之间存在着巨大的差距,并且这种差距在不断地扩大;01在信息爆炸时代,随着科学技术的越来越专业化,跨学科的信息传递变得更加困难,就会产生知识的分裂,并且随着知识的持续增长,这种现象会更加严重;02一个专业领域的信息可能对另一个专业领域是有价值的,跨学科间一定存在着潜在的未被发现的关联。03

1985年Swanson在一个偶然的机会,发现2篇医学文献放在一起,会揭示出一个问题的答案,而这个答案是从单独一篇文献得不到的。这预示着在医学文献中存在着大量的未被发现的隐含的关联。01例如,A表示一种物质的摄入可能导致一种独特的生理改变B,而B又作用于身体的某器官或一种疾病C。如果把两类文献放在一起,加以研究就会获得有用的信息。即A作用于C,而这种信息是不能根据单独一类文献得到的,称为AB和BC这两种文献是互补的。02非相关文献的隐含关联

这种情况,对两个不同的医学专业领域是经常存在的,因此几乎没有人考虑到,把两类文献放在一起加以研究,也不会有人注意到A和C之间可能存在的隐含关联。02一个专业领域的文献的作者和读者,一般并不熟知另一专业领域的文献,也就是说两类文献从没有或很少被共同引用,并且也不相互引用,我们称这两类文献是相互独立的,也就是非相关的。01非相关文献的隐含关联

DonR.Swanson的研究潜在的联系食用鱼油文献血液粘稠度红细胞脆性雷诺氏病文献Medline文献集合

闭合式的知识发现闭合式知识发现过程是从A和C出发，寻找共同的中间词B。1Swanson开发的网络应用软件ARROWSMITH即体现了闭合式挖掘这一思想。在成功预言了镁缺乏与神经系统疾病（1988年）的关系之后，Swanson又利用ARROWSMITH系统成功地预言了消炎痛与阿尔茨海默氏症（1996年）、雌激素与阿尔茨海默氏症（1996年）、游离钙磷脂酶A2与精神分裂症（1998年）之间的关系，并发现了可以作为生物武器的潜在病毒（2001年）。2

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能够成为生物武器：致病性，传播性。同时涉及到病毒这两个特性的文章却特别少。A：病毒毒力遗传方面（virulence-genetic）C：病毒疾病传播力病毒的昆虫媒介传播（insectvectors）空气传播（air）在空气中的稳定性（stabilityofvirusesinair）通过与A和C有共同联系B找出更多符合条件的病毒。将得到的文献经过一些系列的处理，Arrowsmith列出了三个有意义的B-LIST（病毒的集合），通过进一步的统计学分析和查阅文献，最终找出相对有意义的病毒（B）

No.3利用Arrowsmith程序，发现美国斯坦福大学和哥伦比亚大学在医学信息学研究领域的潜在合作方向尝试将这种方法运用到寻求发现科研机构合作与交流的领域中。结果表明，利用Arrowsmith所挖掘的科研合作与交流的内容详细、明确，能体现出研究所使用的具体方法和侧重点，能更好地体现出两个机构研究内容的相似点（可以合作之处）和不同点（可以相互交流、学习之处）。No.2No.1发现科研机构间潜在的合作方向

开放式知识发现No.1开放式知识发现的过程是，对某个初始研究主题A，在MEDLINE的标题字段检索其相关文献，寻找与A在标题中共同出现的中间词B，通过筛选得到有一定意义的B，进而重复上述过程，得到目标词C。No.2开放式挖掘初衷是从某个疾病或药物初始，寻找疾病的潜在病因和治疗方法或者药物的潜在治疗应用。

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/输入单个的概念（疾病A），找到该概念的第一层相关概念并加以归类（药物B）。01从第一层相关概念（药物B）出发，找到它们的相关概念，并加以归类（基因C）。02检验基因和疾病是否有关联。如果没有，该基因与疾病有潜在的联系而且并没有文献报道。03提示：与疾病、生理学反应或者其他表型相关的新基因、药物或者神经科学。04

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