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图神经网络在植物相互作用预测中的应用研究
目录
图神经网络在植物相互作用预测中的应用研究（1）．．．．．．．．．．．．．．4
一、内容概要．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．4
1.1研究背景与意义．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．4
1.2国内外研究现状．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．5
1.3研究内容与方法．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．6
二、相关理论与技术基础．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．8
2.1植物相互作用的理论模型．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．9
2.2图神经网络的基本原理．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．10
2.3图卷积神经网络的算法与应用．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．11
三、数据集准备与处理．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．12
3.1数据收集与整理．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．13
3.2特征工程与选择．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．14
3.3数据标准化与归一化．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．15
四、图神经网络模型构建．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．17
4.1模型架构设计．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．18
4.2损失函数与优化器选择．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．20
4.3超参数调优策略．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．20
五、实验设计与结果分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．22
5.1实验设置与参数配置．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．23
5.2实验过程与结果展示．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．24
5.3结果对比与分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．26
5.4结果可视化与讨论．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．28
六、结论与展望．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．29
6.1研究成果总结．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．30
6.2存在问题与挑战．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．31
6.3未来研究方向与应用前景．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．32
图神经网络在植物相互作用预测中的应用研究（2）．．．．．．．．．．．．．33
内容概览．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．33
1.1研究背景．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．35
1.2研究意义．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．36
1.3文献综述．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．37
1.3.1植物相互作用概述．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．40
1.3.2图神经网络发展现状．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．41
1.3.3图神经网络在生物信息学中的应用．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．43
图神经网络基本原理．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．44
2.1图论基础．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．45
2.2图神经网络架构．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．47
2.2.1传统图神经网络．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．
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