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常用生物数据库和数据格式
基本内容2生物数据库相关背景常用数据格式fasta,fastq,gff,GenBank常用序列数据库美国国立生物技术信息中心(NCBI)欧洲生物信息学中心(EBI)DDBJ常用基因功能数据库基因本体数据库（GeneOntology）京东基因与基因组百科全书（KEGG）Interpro蛋白功能数据库常用基因组数据库UCSC基因组浏览器Ensembl基因组注释数据库
SequenceInterpro
5?数据多，数据格式多，数据库也多。如何找到我们想要的数据库呢？
最新生物数据库列表（NucleicAcidsResearch）
基本内容7生物数据库相关背景常用数据格式fasta,fastq,gff,GenBank常用序列数据库美国国立生物技术信息中心(NCBI)欧洲生物信息学中心(EBI)DDBJ常用基因功能数据库基因本体数据库（GeneOntology）京东基因与基因组百科全书（KEGG）Interpro蛋白功能数据库常用基因组数据库UCSC基因组浏览器Ensembl基因组注释数据库
常见数据格式8
常见数据格式90102030405FASTAformatFASTQformatGenBankformatEMBLformatGFFformat
FASTAformat10描述行“”分隔符一般50-100个字符每行没有标准的扩展名
FASTQsequenceformat与fasta格式类似一条序列一般占用四行序列和质量值各占一行
12/88GenBankFileFormatLOCUSSCU498455028bpDNAlinearPLN21-JUN-1999DEFINITIONSaccharomycescerevisiaeTCP1-betagene,partialcds;andAxl2p(AXL2)andRev7p(REV7)genes,completecds.ACCESSIONU49845VERSIONU49845.1GI:1293613KEYWORDS.SOURCESaccharomycescerevisiae(bakersyeast)ORGANISMSaccharomycescerevisiaeEukaryota;Fungi;Ascomycota;Saccharomycotina;Saccharomycetes;Saccharomycetales;Saccharomycetaceae;Saccharomyces.REFERENCE1(bases1to5028)AUTHORSTorpey,L.E.,Gibbs,P.E.,Nelson,J.andLawrence,C.W.TITLECloningandsequenceofREV7,agenewhosefunctionisrequiredforDNAdamage-inducedmutagenesisinSaccharomycescerevisiaeJOURNALYeast10(11),1503-1509(1994)PUBMED7871890......FEATURESLocation/QualifiersCDS1..206/codon_start=3/product=TCP1-beta/protein_id=AAA98665.1/db_xref=GI:1293614/translation=SSIYNGISTSGLDLNNGTIADMRQLGIVESYKLKRAVVSSASEAAEVLLRVDNIIRARPRTANRQHMgene687..3158/gene=AXL2......ORIGIN1gatcctccatatacaacggtatctccacctcaggtttaga
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