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基于功能基因的微生物碳循环研究新进展

目录

一、内容概述．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．3

1.1碳循环概述．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．3

1.2微生物在碳循环中的作用．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．4

1.3功能基因研究方法简介．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．6

1.4基于功能基因研究碳循环的意义．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．7

二、功能基因的鉴定与表征．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．8

2.1功能基因挖掘策略．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．9

2.1.1基于序列比对的方法．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．10

2.1.2基于功能预测的方法．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．12

2.1.3基于实验验证的方法．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．14

2.2功能基因的注释与分类．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．15

2.2.1基因功能注释数据库．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．16

2.2.2碳代谢相关基因家族．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．18

2.3功能基因的表达与调控．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．19

2.3.1基因表达分析技术．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．20

2.3.2碳代谢相关基因调控网络．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．24

三、功能基因在碳固定过程中的作用．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．25

3.1光合作用相关基因．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．26

3.1.1红外线光系统基因．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．27

3.1.2可见光光系统基因．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．29

3.1.3碳固定酶基因．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．30

3.2化能自养作用相关基因．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．32

3.2.1固碳酶基因．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．33

3.2.2电子传递链相关基因．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．34

3.3微生物碳固定过程实例分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．36

四、功能基因在碳释放过程中的作用．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．37

4.1有机物分解相关基因．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．38

4.1.1糖类分解酶基因．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．41

4.1.2脂类分解酶基因．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．42

4.1.3蛋白质分解酶基因．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．43

4.2碳释放过程实例分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．45

4.2.1土壤碳释放．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．45

4.2.2水体碳释放．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．47

五、环境因素对功能基因表达的影响．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．49

5.1温度的影响．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．51

5.2水分的影响．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．52

5.3pH值的影响．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．52

5.4有机物供应的影响．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．