链霉素和黄曲霉毒素适体结合模式的分子动力学模拟研究.pdfVIP

哈尔滨理工大学工学硕士学位论文

链霉素和黄曲霉毒素适体结合模式的

分子动力学模拟研究

摘要

经过近20年的发展，适体（Aptamer，Apt）传感器已获得普遍研究。

受DNA多样性影响和实验仪器功能所限，已有研究主要聚焦于构型所致的

分析性能考察与方法学验证，鲜有研究触及宏观实验现象背后的微观分子作

用本源问题。作为该本源问题范畴的一个主要方面，适体与靶标的结合模式

具有重要学术研究价值，其有效揭示对深入理解传感响应机理和新构型传感

器的理性设计与构建具有重要意义。

本论文尝试将分子动力学模拟（Moleculardynamicssimulation，MDS）

技术应用于适体结合模式研究，拟在探索相关研究新方法，拓展研究新途径

和新思路。主要内容包括两方面：（1）研究了适体与靶标链霉素

（Strepomycin，STR）的结合模式。构建适体多样性3D结构，运用

AutoDockTools分子对接方法获取优势结合构象，利用Gromacs软件模拟构

象的结合动力学演变过程并计算对应热力学结合自由能（∆G），对模拟结果

进行电化学实验方法验证。结果显示，4个多样性结构适体（Apt1，Apt2，

Apt3和Apt4）结合体系表现为总体相似的个性差异，结合作用力主要包括

氢键、π-甲基疏水和静电3种类型，其中以静电作用占主导，推断结合为以

静电吸引诱导的契合作用模式，对应结合自由能分别为-2457，-2600，-

2376，-2524和-2176KJ/mol。实验验证结果符合结合模式及其能量大小排布

顺序，确证了模拟结果的合理性。（2）研究了两类分型黄曲霉毒素

（Aflatoxin，AF）适体分别与对应靶标黄曲霉毒素B（AFB）和黄曲霉毒素

M（AFM）的结合模式。采用相同方法进行3D结构适体构建、分子对接、

动力学结合模拟和热力学能量计算，确定对应结合模式并对其进行内在规律

性和构-效关系分析。结果表明，0.1MNaCl水溶液能有效支持结合复合物

的稳定性；结合模式具有内在规律性，其中主要参与结合碱基为鸟嘌呤

（DG）和胞嘧啶（DC），作用力类型主要为氢键和π-π堆积作用，结合自由

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能大小介于-56.6±9.9~-226.7±18.8（KJ/mol）之间。研究明晰了两类适体的

结合模式，确证了MDS方法的适用性，为其有效性提供了新的研究例证，

并为相关体系应用研究提供理论依据和参考思路。

关键词结合模式；分子动力学模拟；适体；链霉素；黄曲霉毒素

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MolecularDynamicsSimulationStudyonthe

BindingPatternsofStreptomycinandAflatoxin

Aptamers

Abstract

Afternearly20yearsofdevelopment,aptamer(Apt)sensorshavebeenwidely

studied.DuetotheinfluenceofthediversityofDNAandtheexperimental

instruments’functionlimitation,previousstudiesmainlyfocusedoninvesti