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天麻次生代生物合成基因簇的挖掘与多样性机制分析
目录
天麻次生代生物合成基因簇的挖掘与多样性机制分析（1）．．．．．．．．4
文档概要．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．4
1.1研究背景与意义．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．4
1.1.1天麻资源价值概述．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．5
1.1.2天麻次级代谢产物研究现状．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．6
1.1.3基因组学技术在药用植物研究中的应用．．．．．．．．．．．．．．．．．．．7
1.2国内外研究进展．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．8
1.2.1天麻基因组与转录组信息．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．10
1.2.2次生代谢相关基因研究概述．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．11
1.2.3基因簇挖掘与多样性分析方法．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．12
1.3研究目标与内容．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．13
1.3.1主要研究目的．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．14
1.3.2具体研究任务．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．15
1.4技术路线与研究方法．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．17
1.4.1实验材料与基因组数据．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．18
1.4.2生物信息学分析流程．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．19
材料与方法．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．20
2.1实验材料．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．21
2.1.1天麻种质资源来源．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．23
2.1.2基因组测序数据获取．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．26
2.2实验方法．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．26
2.2.1基因组数据预处理．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．27
2.2.2天麻次生代谢相关基因簇挖掘策略．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．28
2.2.3基因多样性分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．29
2.2.4基因表达模式分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．31
2.2.5数据库与软件．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．32
结果与分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．33
3.1天麻基因组数据质量评估．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．34
3.2次生代谢相关基因簇的鉴定与鉴定．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．36
3.2.1重点基因簇成员识别．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．38
3.2.2基因簇在基因组中的位置分布．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．39
3.3鉴定基因簇的结构特征解析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．39
3.3.1编码区与调控区结构分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．41
3.3.2基因长度与组成元件分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．42
3.4天麻次生代谢基因簇的多样性评估．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．43
3.4.1系统发育关系构建与进化模式探讨．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．45
3.4.2核心成员变异格局分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．46
3.4.3分子进化速率与选择作用分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．47
3.5基因表达谱分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．
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