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RNA测序数据分析与生物信息学建模
目录
RNA测序数据获取与预处理．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．4
1.1RNA测序技术概述．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．5
1.1.1RNA测序原理介绍．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．6
1.1.2RNA测序流程解析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．7
1.2实验数据获取．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．8
1.2.1公开数据库资源介绍．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．10
1.2.2实验室数据采集方法．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．11
1.3数据质量控制．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．12
1.3.1质量评估指标．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．15
1.3.2数据清洗方法．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．16
1.4数据预处理．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．17
1.4.1数据过滤与修剪．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．19
1.4.2对齐与比对策略．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．20
1.4.3去除接头序列与低质量读长．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．21
基因表达量计算与评估．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．24
2.1基因表达量定量方法．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．25
2.1.1FPKM/TPM计算方法．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．26
2.1.2RPKM/RPM计算方法．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．28
2.1.3DESeq2进行差异表达分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．29
2.1.4EdgeR进行差异表达分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．30
2.2基因表达模式分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．33
2.2.1差异表达基因筛选．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．34
2.2.2基因表达聚类分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．35
2.2.3基因表达可视化．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．37
差异表达分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．37
3.1差异表达分析原理．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．38
3.1.1基于假设检验的方法．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．41
3.1.2基于统计模型的的方法．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．42
3.2差异表达分析工具．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．43
3.3差异表达结果解读．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．45
3.3.1基因功能注释．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．47
3.3.2生物学通路富集分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．47
RNA测序数据可视化．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．50
4.1可视化方法概述．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．51
4.1.1散点图绘制．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．52
4.1.2热图绘制．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．53
4.1.3聚类分析图绘制．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．54
4.2
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