Bta-miR-134靶基因预测及生物信息学分析.pdfVIP

Bta-miR-134靶基因预测及生物信息学分析.pdf

第37卷第1期塔里木大学学报Vol.37No.1

2025年2月JournalofTarimUniversityFeb.2025

许浩天，赵雅菲，于月通，等.Bta-miR-134靶基因预测及生物信息学分析［J］.塔里木大学学报，2025，37（1）：29-37.

DOI：10.3969/j.issn.1009-0568.2025.01.004

Bta-miR-134靶基因预测及生物信息学分析

许浩天，赵雅菲，于月通，李静，齐萌*

（塔里木大学动物科学与技术学院，新疆阿拉尔843300）

摘要本研究对LPS与钙离子共处理的奶牛乳腺上皮细胞RNA样本以及LPS处理的奶牛乳腺上皮细胞RNA样本进行miR-

NA测序，发现16个差异表达miRNA，其中表达水平上调miRNA1个，表达水平下调miRNA15个。上调miRNA为bta-miR-

134，其可能在钙离子抑制奶牛乳腺上皮细胞炎症反应进程中发挥关键作用。因此，对奶牛乳腺上皮细胞来源bta-miR-134的

靶基因进行预测并开展生物信息学分析，为bta-miR-134的功能验证奠定研究基础。使用miRBase数据库分析bta-miR-134的

成熟序列保守性；使用Targetscan数据库预测bta-miR-134的靶基因；使用R语言中clusterProfiler包对bta-miR-134靶基因进行

GO和KEGG富集分析；使用STRING数据库分析bta-miR-134靶基因的蛋白互作关系。Bta-miR-134的成熟序列在不同物种

间高度保守；预测到bta-miR-134的靶基因共计171个；GO功能富集结果显示，靶基因主要富集蛋白丝氨酸/苏氨酸激酶活性、

蛋白激酶活性、蛋白丝氨酸激酶活性等分子功能；KEGG通路富集结果显示，靶基因主要参与Ras信号通路、神经营养因子信

号通路、人类免疫缺陷病毒1型感染和恰加斯病等相关信号通路；蛋白互作分析表明KRAS、PIK3CA、CASP8这3个基因与其他

基因的连通度最高。Bta-miR-134可能靶向KRAS、PIK3CA、CASP8等关键基因，由Ras信号通路、MAPK信号通路和Toll样受体

信号通路进一步介导，从而调控奶牛乳腺上皮细胞炎症反应。本研究为进一步揭示奶牛乳腺上皮细胞中钙离子、miRNA与炎

症信号通路之间的调控机制提供重要数据。

关键词bta-miR-134；靶基因；生物信息学分析

中图分类号：S852.23文献标识码：A文章编号：1009-0568（2025）01-0029-09

Targetgenepredictionandbioinformaticsanalysisofbta-miR-134

XUHaotian，ZHAOYafei，YUYuetong，LIJing，QIMeng*

（CollegeofAnimalScienceandTechnology，TarimUniversity，Alar，Xinjiang843300）

AbstractInthisstudy，theRNAsamplesofmammaryepithelialcellsofcowsco-treatedwithLPSandcalciumionsaswellasthe

RNAsamplesofmammaryepithelialcellsofcowstreatedwithLPSweresubjectedtomiRNAsequencing.Sixteendifferentiallyex-