核酸序列及数据分析课程.pptVIP

中心法则（TheCentralDogma）基因表达中的信息流*第126页，共191页，星期日，2025年，2月5日基因功能区域基因按其功能可分为结构基因和调控基因：结构基因可被转录形成mRNA，并进而转译成多肽链；调控基因是指某些可调节控制结构基因表达的基因。在DNA链上，由蛋白质合成的起始密码开始，到终止密码子为止的一个连续编码序列称为一个开放阅读框(OpenReadingFrame,ORF)。结构基因多含有插入序列，除了细菌和病毒的DNA中ORF是连续的，包括人类在内的真核生物的大部分结构基因为断裂基因，即其编码序列在DNA分子上是不连续的，或被插入序列隔开。断裂基因被转录成前体mRNA，经过剪切过程，切除其中非编码序列(即内含子)，再将编码序列(即外显子)连接形成成熟mRNA，并翻译成蛋白质。第127页，共191页，星期日，2025年，2月5日基因的不连续性Intron和Exon:大多数真核生物蛋白质基因的编码顺序(Exon)都被或长或短的非编码顺序(Intron)隔开*第128页，共191页，星期日，2025年，2月5日真核生物基因结构：一个完整的真核生物基因，不但包括编码区域，还包括5端和3端两侧长度不等的特异性序列，虽然这些序列不编码氨基酸，却在基因表达的过程中起着重要的作用。所以，严格的“基因”这一术语的分子生物学定义是：产生一条多肽链或功能RNA所必须的全部核苷酸序列。*第129页，共191页，星期日，2025年，2月5日基因序列特征分析主要内容一、开放阅读框—ORF二、启动子—promoters三、CpG岛——CpGislands四、转录终止信号五、密码子偏好性

*第130页，共191页，星期日，2025年，2月5日一、开放阅读框

ORF—openreadingframe开放阅读框指的是从5端开始翻译起始密码子（ATG）到终止密码子（TTA、TAG、TGA）的蛋白质编码碱基序列。*第131页，共191页，星期日，2025年，2月5日1.1遮蔽重复序列在进行任何真核生物序列的基因分析之前,最好把重复序列找出来并从序列中除去。*第132页，共191页，星期日，2025年，2月5日什么是重复序列？为什么要找出（遮蔽）重复序列？真核生物DNA序列由非重复序列和重复序列两类构成。ATGGAGGAGCCGCAGTCAGATCCTAGCGTCGAGCCCCCTCTGAGTCAGGAAACATTTTCAGACCTATGGAAACTACTTCCTGAAAACAACGTTCTGTCCCCCTTGCCGTCCCAAGCAATGGATGATTTGATGCTGTCCCCGGACGATATTGAACAATGGTTCACTGAAGACCCAGGTCCAGATGAAGCTCCCAGAATGCCAGAGGCTGCTCCCCCCGTGGCCCCTGCACCAGCAGCTCCTACACCGGCGGCCCCTGCACCAGCCCCCTCCTGGCCCCTGTCATCTTCTGTCCCTTCCCAGAAAACCTACCAGGGCAGCTACGGTTTCCGTCTGGGCTTCTTGCATTCTGGCCCCCCGTGGCCCCTGCACCAGCAGCTCCTACACCGGCGGCCCCTGCACCAGCCCCCTCCTGGCCCCTGTCATCTTCTGTCCCTTCCCAGAAAACCTACCAGGGCAGCTACGGTTTCCGTCTGGGCTTCTTGCATTCTGGGACAGCCAAGTCTGTGACTTGCACGTACTCCCCTGCCCTCAACAAGATGTTTTGCCAACTGGCCAAGACCTGCCCTGTGCAGCTGTGGGTTGATTCCACACCCCCGCCCGGCACCCGCGTCCGCGCCATGGCCATCTACAAGCAGTCACAGCACATGACGGAGGTTGTGAGGCGCTGCCCCCACCATGAGCGCTGCTCAGATAGCGATGGTCTGGCCCCTCCTCAGCATCTTATCCGAGTGGAAGGAAATTTGCGTGTGGAGTA*第133页，共191页，星期日，2025年，2月5日鉴定或遮蔽DNA重复序列的常用软件CENSOR/censor/index.phpRepeatMasker/TandemRepeatsFinder/trf/trf.html*第134页，共191页，星期日，2025年，2月5日1.2根据开放读码框预测基因A起始密码子ATG