源代码语言e1071包实现分类器-暗香疏影.pdfVIP

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#源代码#R语言e1071包实现SVM分类器

暗香疏影

随着生物技术的发展,微阵列数据为诊断、治疗等

提供了前提和可能性。选择是诊断的基础,如何在维小

样本的表达数据中选择那些与疾病相关、对疾病分类有用的诊断

,保证诊断的有效性和可靠性,成为了一个具有性的课

题。目前应用最广泛的是利用支持向量机(supportvectormachine,SVM)

为分类器的方法,SVM是一种有效处理学习时小样本问题的方法,同

时对于样本少、数、非线性的数据处理是较好的方法,非常适应

于数据的分析。这里我们来介绍用R语言e1071包实现SVM分类

器。

代码如下所示

安装e1071包

source()

biocLite(e1071)

library(e1071)

A=read.table(e:/training1.txt,header=T)#导入表达谱文件,第一列为样

本类型的分类。

x-subset(A,select=-State)#设定需要做分类的表达谱数据的列——

除去State列

y-A[,1]#设定分类的列——State表示类别的一列

model-svm(x,y)#构建SVM分类模型

pred-predict(model,x)#用输入的训练数据进行分类模型的验证,用

pred-fitted(model)语句也是同等效果的

table(pred,y)#检验分类的结果

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