基于转录组数据的柞蚕简单重复序列特征分析与EST-SSR分子标记开发.pdfVIP

ScienceofSericulture蚕业科学

2022,48(1)：0040-0047

ISSN0257-4799；CN32-1115/S

DOI:10.13441/ki.cykx.2022.01.006

基于转录组数据的柞蚕简单重复序列特征分析与EST-SSR分

子标记开发

钟亮I张博I徐亮王凤成I李喜升I赵春山I刘彦群2谨苗苗

(＞辽宁省蚕业科学研究所，辽宇风城118100；:沈阳农业大学生物科学技术学院.沈阳110X66)

摘要通过高通量测序获得柞蚕幼虫的转录组数据，利用M1SA软件从该转录组数据中检索到分布于12846条UniGene的

15568个符合筛选条件的SSR位点，SSR位点的出现频率为14.72%：这些SSR位点的优势重复基元为单、二碱基.分别占

SSR位点总数的77.64%和14.92%,在全部SSK位点共搜索到41种重复基元，其中单碱基重复基元以A/T为主，占该类型

的971%；而二、三碱基重复基元以AT/AT和AAT/ATT为主，占比分别为73.47%和39.75%序列长度三20bp的SSR位点

共有511个，占总SSR位点的3.28%,也以单碱基和二碱.基重复基元为主，占比分别为33.66%和37.57%。在其中选取69对

引物进冇PCR验证，筛选到31对有效扩増引物利用10个柞蚕品种的幼虫总I)NA,对随机选择的14对引物进行多态性验

证，筛选到12对稳定、可重复的多态性SSR引物，研究结果将有助于建立柞蚕分子标记技术体系和开展柞蚕分子标记辅助

育种研究

关键词柞蚕；转录组；EST-SSR分子标记；毛细管电泳

中图分类号S885.1文章编号0257-4799(2022)01-0040-08

FeatureAnalysisofSimpleSequenceRepeatsandDevelopmentof

EST-SSRMolecularMarkersBasedonAntheraeapernyiTranscrip­

tome

ZhongLiang1ZhangBo1XuLiang1WangFengcheng1LiXisheng1ZhaoChunshan1

LiuYanqun2ChenMiaomiao1*

(1SericulturalResearchInstituteofLiaoningProvince,FengchengLiaoning118100,China；2CollegeofBioscienceand

Biotechnology,ShenyangAgriculturalUniversity,Shenyang110866,China)

AbstractInthisstudy,thetranscriptomedataofAntheraeapernyilarvaewasobtainedfromhigh-throughputsequen­

cing.Totally1568SSRlocidistributedin12846UniGeneswereretrievedfromthetussahtranscriptomedatabyusing

MISAsoftware,andthefrequencyofSSRlocuswas14.72%.Thedominantrepeatmotifsweremononucleotideanddinu-

cleotide,accountingfor77.64%and14.92%ofthetotal

收稿日期:2021-04-13接受日期:2021-05-22SSRloci,respectively.Atotalof41repeatmotifswere

资助项目：国家自然科学基金青年科学基金项目,财政foundinallSSRloci,andA/Twasthemainmononucle-