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分子植物育种，2020年，第18卷，第5期，第1578-1584页
MolecularPlantBreeding,2020,Vol.18,No.5,1578-1584
研究报告
ResearchReport
四种天麻基于SLAF测序的SNP标记开发与分析
丛琨”朱新焰1#石亚娜1付坚2王家金1钱均祥1季鹏章f
1云南省农业科学院药用植物研宄所，昆明，650203;2云南省农业科学院生物技术与种质资源研宄所，昆明，650203
*同等贡献作者
**通信作者，pengzhji@126.com
摘要为了分析天麻种质资源的遗传多样性及其进化关系，开发特异性SNP(Singlenucleotidepolymorphism)
标记位点。实验通过对4种不同种或不同产地的同种天麻共28个样品进行SLAF测序，首次在天麻种质资
源中得到SLAF标签并开发SNP标记，通过Denove测序技术，构建SLAF文库，利用GATK和SAMTOOLS
技术开发SNP标记。共获得75.95M高质量的reads数据，471001个SLAF标签，其中多态性SLAF标签
19675个，并开发出60238个群体SNP。对SNP标记的分析的结果表明，作为主要栽培种的天麻(W)由于长
时间的人工培育,也许使得其遗传进化体系与其他的天麻种质资源存在较大差异。另外，所有样品中SNP标
记的杂合率普遍高于20%,突出了天麻这一物种广泛的杂合性。而且，利用简化基因组测序技术SLAF-seq
可以高效地、低成本地开发出大量的可用于群体遗传结构分析的SNP标记。
关键词天麻(GasfrodiaetaaBl.)，SLAF测序，SNP标记
ExploitandAnalysisofSNPMarkersforFourTypesofGastrodiasBasedon
SLAFSequencing
CongKun**ZhuXinyan1*ShiYana1FuJian2WangJiajin1QianJunxiang1JiPengzhang
1InstituteofMedicinalPlants,YunnanAcademyofAgriculturalSciences,Kunming,650203;2InstituteofBiotechnologyandGermplasmResources,
YunnanAcademyofAgriculturalSciences,Kunming,650203
*Theseauthorscontributedequallytothiswork
**Correspondingauthor,pengzhji@126.com
DOI:10.13271/j.mpb.018.001578
AbstractInordertoanalyzethegeneticdiversityandevolutionrelationshipofGastrodiaelatagermplasmresour
ces,singlenucleotidepolymorphism(SNP)mappingsitesweredeveloped.ThisstudyisobtaintheSLAFtagsand
SNPmarkersingastrodiasforthefirsttimebySLAF-seqthatperformedintwenty-eightsamplesforfourkindsof
gastrodiaswhichofthedifferentspeciesorthesamespeciesfromdifferentorigin.Thisexperimenthavebuildthe
SLAFlibrarybyDenove,andSNPmarkerdevelopmentbyGATKandSAMTOOLS.Wehaveobtained75.95M
high-qualityreadswereusedtobuildaSLAFlibrary,intota
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专注于经营管理类文案的拟写、润色等，本人已有10余年相关工作经验，具有扎实的文案功底，尤善于各种框架类PPT文案，并收集有数百万份各层级、各领域规范类文件。欢迎大家咨询！
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