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分子植物育种，2023年，第21卷，第23期，第7803-7810页
MolecularPlantBreeNo.23,7803-7810
研究报告
ResearchReport
辣椒花药转录组SSR位点信息分析及标记开发
傅鸿妃1李高青2郭赛赛！
聂智星1传郑积荣1
1杭州市农业科学研究院蔬菜研究所，杭州，310024;2寿光市农业农村局，寿光市蔬菜产业发展中心，潍坊，262700
*通信作者，topzheng2003@163.com
摘要为开发高效实用的EST-SSR标记，对辣椒(CapsicumannuumL.)花药样品的转录组进行测序，去
余后得到44832条转录本序列。对所有转录本进行SSR分析，共检测出7189个SSR位点，分布于5721条
转录本上。SSR位点出现频率为16.04%，平均每7.90kb检出1个SSR位点。分析SSR位点特征发现，
97.80%的SSR重复序列长度在10~30bp之间，单核苷酸和三核苷酸为主要重复基元类型，各占SSR总数的
45.31%和35.99%；全部SSR位点共有159种重复基元，除单核苷酸重复外，AG/CT、AAG/CTT为优势重复
基元，分别占SSR总数的9.72%和8.43%。随机选择29对EST-SSR引物在8个供试辣椒自交系中进行扩增
发现，引物有效性为93.10%，多态率为17.24%。本研究中开发的EST-SSR标记可为辣椒的种质资源遗传多
样性分析、分子标记辅助育种等提供支持。
关键词辣椒(CapsicumannuumL);花药转录组；SSR位点；标记开发
SSRSiteInformationAnalysisandMarkerDevelopmentofPepper(Cap-
sicumannuumL.)AntherTranscriptome
NieZhixing!FuHongfeilLiGaoqing?GuoSaisai1ZhengJirong
1VegetableResearchInstitute,HangzhouAcademyofAgriculturalSciences,Hangzhou,310024;2ShouguangVegetableIndustryDevelopmentCen-
ter,ShouguangBureauofAgriculturalandRuralAffairs,Weifang,262700
*Corres
on2003@163.c0m
DOI:10.1327mpb.021.007803
AbstractTodevelopefficientandpracticalEST-SSRmarkers,thestudysequencedthetranscriptomeofpepper
(CapsicumannuumL.)antherstoobtain44832non-redundanttranscriptsequences.SSRanalysiswasperformed
onalltranscripts,andatotalof7189SSRlociweredetected,distributedon5721transcripts.Thefrequencyof
theSSRlociwas16.04%,withanaveragedistanceof7.90kb.Moreover,theanalysisofSSRlocicharacteristics
revealedthatmononucleotideandtrinucleotidewerethemainrepeatmotiftypes,accountingfor45.31%and
35.99%ofthetotalnumberofSSRs,respectively.97.80%oftheSSRrepeatedsequencelengthswerebetween10
and30bp.Thereare159repetitivemotifsinallSSRloci.Excludingmononucleotides,themostabundantm
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