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分子植物育种，2023年，第21卷，第17期，第5720-5729页

MolecularPlantBreedi7,5720-5729

研究报告

ResearchReport

基于转录组测序的粗肋草SSR位点分析和分子标记开发

刘荷慧雯刘俊钰官敏华李季曾宋君吴坤林*

中国科学院华南植物园，广州，510650

*通信作者，wkl8@

摘要粗肋草是常见的室内观赏植物，为了规范其商业品种的开发，以及为后续的分子育种研究提供基础

数据，本研究开发了高效可靠、操作简单SSR分子标记。从粗肋草‘如意转录组测序获得到的115449条

unigene中共检测到29776个SSR位点，优势重复类型为单核苷酸重复和二核苷酸重复，分别占总SSR位

点的42.30%和40.05%。以8个品种粗肋草DNA为模板，设计的55对SSR引物中有14条的扩增产物经

3%琼脂糖凝胶电泳后呈现出清晰单一的条带；经毛细管凝胶电泳后获得了12对具有多态性的引物。基于

12对引物扩增片段的35个等位位点，通过UPGMA聚类分析将8个品种粗肋草分为3个类群，其中，“红如

意和‘吉利红可能为同种异名。本研究筛选出的SSR引物可为粗肋草的遗传多样性分析、遗传图谱构建、

遗传稳定性鉴定等提供可靠的分子标记。

关键词简单重复序列；分子标记；粗肋草(Aglaonemacommutatum)

SSRLociAnalysisandMolecularMarkerDevelopmentinAglaonema

commutalumBasedonTranscriptomeSequencing

LiuHehuiwenaLiJiZengSongjunWuKunlin*

LiuJunyuGuanMinhua

SouthChinaBotanicalGarden,ChineseAcademyofScience,Guangzhou,510650

*Correspondingauthor,wkl8@

DOI:10.13271/j.mpb.021.005720

717j.mpb.021.005720

AbstractAglaonemacommutatumisacommonindoorornamentalplant.Inordertoregulatethedevelopmentof

commercialvarietiesandprovidebasicdataforsubsequentmolecularbreedingresearch,thisstudydevelopedan

efficient,reliableandsimpleSSRmolecularmarker.29776SSRswerediscoveredin115449unigenesoftran-

scriptomeofAglaonemacommutatumRedvalentine,andthemajorrepeatmotiftypesweremononucleotideand

dinucleotide,accountingfor42.30%and40.05%respectively.14pairsofprimerswhosePCRproductsshowed

clearandsinglefragmentinAGEwereselectedfrom55SSRprimerswhileusingDNAof8varietiesof

Aglaonemacommutatumastemplates.Furthermore,12pairsofprimersshowedpolymorphicfragmentsinHPCE.

Basedon35allelesfromfragmentsof12pairsofprimers,8varietiesofAglaonemacommutatumweredividedinto

3groupsthroughUPGMAclusteringanalysis,inwhichReddervalentineandBigapplemaybethesamevariet