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#源代码#Python下处理PDB蛋白分子结构数据
Peaker
PDB文件的是ProteinDataBank数据资源下的分子结构
信息。这个数据库又包含超过55000记录，了蛋白结构信息的权
威参考数据。一个PDB文件包含通过X光晶体散射技术下识别的原子
空间定位分布信息，核磁成像信息，以及其他实验技术的信息。
这个数据通过几个平台来使用，例如分子结构viewer工具，DeepView，
Cn3D，PyMol等，蛋白分析以及结构预测软件，如MakeMultimer,
Modeller等。
今天我们就介绍下如何通过python语言Bio.PDB模块实现对PDB
数据库中的数据进行检索和分析。
Bio.PDBModule
PDB模块了一个PDBparser的类，主要功能是对蛋白分子结
构信息进行解析处理。这个类有一个method叫做get_structure。这个
method需要一个蛋白的ID或一个文件作为inputdata，然后返回
的是对应的一个结构对象。使用方法如下
导入PDBParser解析器，对pdbfn文件进行解析，输出结构structure
信息。我们可以对此structure结构对象进行数据提取
例如我们对结构model的child进行提取，并获得A,B,C,D四个
childchain。
在structure结构中我们提取出多个atom原子信息，并可以获得每
个原子的基本信息，如bfactor,coord等。
下面的这个是一个PDB文件压缩为gzip格式。他可以遍历蛋
白分子中所有的chain链，然后每个链他都在每一个原子上进行walk，
当存在某一异常原子时，可以输出原子的名字以及定位。
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