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医学研究杂志2024年1月第53卷第1期·论著·

整合生物信息学分析基底型乳腺癌的核心基因

曹家兴张旺刘九洋吴高松

摘要目的整合生物信息学挖掘并分析与基底型乳腺癌(basal-likebreastcancer,BLBC)的预后相关的核心基因。

方法首先,从GEO数据库中遴选与乳腺癌分子分型相关的数据集,数据处理后利用WGCNA筛选与BLBC相关的模块。然后,

借助蛋白-蛋白互作(protein-proteininteraction,PPI)网络和cytohubba筛选出模块中差异最大的前10%基因作为候选基因,对

候选基因进行生存分析和表达分析得到核心基因。最后,利用TIMER、TISIDB等生信工具探索核心基因表达和肿瘤免疫浸润、

趋化因子及免疫调节剂的相关性并构建核心基因转录调控网络。结果利用WGCNA筛选出与BLBC相关的黑色模块中共891

个基因,从差异性最大的80个候选基因中分析获得ESPL1和CCNB2两个核心基因。结果显示,两个核心基因与BLBC免疫细

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胞浸润有关,主要包括Th2细胞、CD8T细胞、内皮细胞和肿瘤相关成纤维细胞。而且,核心基因表达水平与趋化因子、免疫刺

激因子、免疫抑制因子及MHC分子相关。核心基因上游转录调控网络表明22种转录因子同时调控两个核心基因。结论ES-

PL1和CCNB2是BLBC的预后标志物且与肿瘤免疫相关。

关键词基底型乳腺癌加权基因共表达网络分析免疫浸润转录因子

中图分类号737.9文献标识码ADOI10.11969/j.issn.1673-548X.2024.01.023

IdentificationandAnalysisofHubGenesofBasal-likeBreastCancerbyIntegratedBioinformaticsMethods.CAOJiaxing,ZHANG

Wang,LIUJiuyang,etal.DepartmentofThyroidandBreastSurgery,ZhongnanHospitalofWuhanUniversity,Hubei430071,China

AbstractObjectiveTomineandanalysethehubgenesassociatedwiththeprognosisofbasal-likebreastcancer(BLBC)by

bioinformaticmethods.MethodsWesearchedtheGEOdatabasetoobtainanappropriatemicroarraydatasetrelatedtomolecularsubtyp-

ingofbreastcancer,andidentifiedmodulesassociatedwithBLBCbyWGCNA.Then,thetop10%differentialexpressedgenesinthe

modulewerescreenedascandidategenesusingPPIandcytohubba.Thecandidategenesweresubjectedtosurvivalanalysisandexpression

analysistoobtainhubgenes.Finally,weexploredthecorrelationbetweentheexpressivelevelofhubgenesandimmunecellinfiltration,

chemokines,andimmunomodulatorsbyTIMERandTISIDBdatabase.Furthermore,transcriptionfactors(TFs)-hubgenenetworkw