基于山药转录组测序的EST-SSR信息分析及分子标记开发.pdfVIP

分子植物育种，2025年，第23卷，第4期，第1269-1277页

MolecularPlantBreNo.4,1269-1277

研究报告

ResearchReport

基于山药转录组测序的EST-SSR信息分析及分子标记开发

李锦超！董俊美！贾凯旋1孟义江2杨太新1侯孟泽1葛淑俊

71000

1河北农业大学农学院，教育部华北作物种质资源研究与利用重点实验室，保定，071000;2河北农业大学生命科学学院，保定，0

*通信作者，gshj@

摘要山药(DioscoreaoppositaThunb.)为药食同源作物，为解析其遗传背景，本研究基于山药珠芽转录组

数据挖掘SSR位点。结果表明，在46701条unigenes中检测到24467个SSR，平均每2.29kb发现1个SSR

位点，发生频率33.78%，出现频率53.40%。重复基元类型中单核苷酸占比52.64%，A/T基元最多，其次，二、

三核苷酸重复类型分别占23.66%和20.42%，六核苷酸重复类型最为丰富，有112种；SSR基元重复次数多

为5~10次，除单碱基类型外，6次重复位点最多；SSR基序长度主要为10~15bp，占总数的59.64%。随机合

成50对不同重复基元类型EST-SSR引物，对29份不同山药种质资源模板进行PCR扩增及电泳分析，47对

引物为有效引物，82%的引物呈现多态性；聚类分析表明，29份资源可大致分为3大类群，分为北方山药、南

方参薯及混杂类群。以上结果显示，山药转录组SSR位点数量较多、发生频率较高，并且类型丰富，可为山药

种质资源鉴定、遗传多样性分析及分子标记辅助育种等提供基础。

关键词山药；转录组；SSR分子标记

EST-SSRInformationAnalysisandMolecularMarkerDevelopmentBased

onChineseyamTranscriptomeSequencing

LiJinchao1DongJunmei!JiaKaixuan!MengYijiangYangTaixin!HouMengze!GeShujunI*

1KeyLaboratoryofCropGermplasmResourcesresearchandUtilizationinNorthChina,MinistryofEducation,CollegeofAgronomy,HebeiAgricul-

turalUniversity,Baoding,071000;2CollegeofLifeScience,HebeiAgriculturalUniversity,Baoding,071000

*Correspondingauthor,gshj@

DOI:10.13271/j.mpb.023.001269

Abstract

tDioscoreaoppositaThunb.isamedicinalandediblehomologouscrop.Inordertoanalyzeitsgenetic

background,SSRlociwereminedbasedonthetranscriptomicdataofbulbilofChineseyam.Theresultsshowed

that24467SSRmarkersweredetectedin46701unigenes,withanaverageof1SSRlociper2.29kb,andtheoc-

currencefrequencywas33.78%and53.40%.Amongtherepeatprimitives,singlenucleotideaccountedfor

52.64%,andA/Twasthelargest,followedbybinucleotideandtrinucleotide,23.66%and20.42%,respectively.

Therewere112hexanucleotiderepeattypes.Therepeattim