第七章蛋白质工程制药.pptVIP

疏水及亲水基团需要合理地分布在溶剂可及表面及不可及表面。在金属蛋白中，配位残基的替换要满足金属配位几何。对于金属蛋白，围绕金属中心的第二壳层中的相互作用是重要的。最优的氨基酸侧链几何排列结构及功能的专一性。第30页，共77页，星期日，2025年，2月5日三、蛋白质设计中的结构－功能关系研究蛋白质结构－功能关系的重要性蛋白质的序列、三维结构，热力学及功能性质之间的关系是目前广泛关注的热点。它对于蛋白质工程及蛋白质设计都是非常重要的。对蛋白质结构与功能的认识过程始于蛋白质中重要功能残基及蛋白质与其他分子相互作用的确定。第31页，共77页，星期日，2025年，2月5日定位突变在蛋白质结构与功能关系研究中的作用通过定位突变替换单独的氨基酸残基是分析功能残基的有力工具。选择突变残基，最重要的信息来自结构特征。因此如果蛋白质的立体结构是未知的，则突变功能残基的研究带有不确定性。第32页，共77页，星期日，2025年，2月5日定位突变种类插入一个或多个氨基酸残基；删除一个或多个氨基酸残基；替换或取代一个或多个氨基酸残基。最大量的定位突变是在体外利用重组DNA技术或PCR方法。第33页，共77页，星期日，2025年，2月5日突变蛋白质结构的评估溶解性热力学分析Ｘ射线晶体学及ＮＭＲ谱园二色谱方法单克隆抗体探测构象变化第34页，共77页，星期日，2025年，2月5日热力学分析可以用于测量突变蛋白质的热稳定性及化学变化自由能，并可作为构象整体性的检测。X射线晶体学及NMR谱可以直接提供突变蛋白的高分辨率结构及评估结构整体性。圆二色谱方法是可用于分析突变体结构的另一生物物理方法。第35页，共77页，星期日，2025年，2月5日蛋白质中功能残基的鉴定根据已知结构信息确定功能残基突变法鉴定功能残基利用蛋白质同源性鉴定功能残基第36页，共77页，星期日，2025年，2月5日不同动物胰岛素在A链中的差异羧基端第37页，共77页，星期日，2025年，2月5日四、天然蛋白质的剪裁什么是分子剪裁：分子剪裁是指在对天然蛋白质的改造中替换1个肽段或一个结构域。将小鼠单克隆抗体分子重链的互补决定簇用基因操作方法插到人的抗体分子的相应部位上，使得小鼠单抗分子所具有的抗原结合专一性转移到人的抗体分子上。这项实验有重要的医学价值。第38页，共77页，星期日，2025年，2月5日结构域由α螺旋、β折叠等二级结构单位按一定的拓扑学规则构成的三维结构实体。构域是蛋白质分子中一种基本的结构单位，结构域拼接是通过基因操作把位于两种不同蛋白质上的几个结构域连接在一起，形成融合蛋白，它兼有原来两种蛋白的性质。五、结构域的拼接第39页，共77页，星期日，2025年，2月5日第40页，共77页，星期日，2025年，2月5日六、结构与功能的容忍度蛋白质结构及功能对残基的替换有一定的容忍度，即结构与功能关系有一定的稳健度。第41页，共77页，星期日，2025年，2月5日Fersht等替换了Barnase的所有内核残基。结果表明23％的突变体保留了酶的活性。Mathews及其合作者在溶菌酶内核中替换多至10个残基。实验证明多重取代的蛋白仍具有活性以及协同折叠。第42页，共77页，星期日，2025年，2月5日全新蛋白质设计一、特征全新蛋白质设计是另一类蛋白质工程，合成具有特异结构与功能的新蛋白质。根据所希望的结构及功能设计蛋白质或多肽的氨基酸序列。第43页，共77页，星期日，2025年，2月5日全新蛋白质设计是根据所希望的结构及功能设计序列，称反折叠研究。蛋白质的功能是直接与它的三维结构相关的，通过序列的改变来操纵结构提供功能的多样性。基于天然蛋白质结构改造的蛋白质工程可以优化蛋白质的活性，改善它们的药效动力学性质。而全新蛋白设计是另一类蛋白质工程，它合成具有新奇的结构与功能的新蛋白质。第44页，共77页，星期日，2025年，2月5日二、蛋白质的全新设计内容蛋白质结构的从头设计蛋白质功能的从头设计第45页，共77页，星期日，2025年，2月5日三、蛋白质结构的从头设计１．二级结构模块单元的自组装２．配体诱导组装３．通过共价交叉连接实现肽的自组装４．在合成模板上肽的组装５．线性多肽折叠为球状结构６．基于组合库的全新蛋白质设计第46页，共77页，星期日，2025年，2月5日设计一个新