泰山黑猪基因组选择信号分析.pdfVIP

2025年第61卷第02期科学技术

ScienceandTechnology·

泰山黑猪基因组选择信号分析

112231*1*

郭宝港，王明凯，张文娟，申小冉，于世浩，曾勇庆，陈伟

（1.山东农业大学动物科技学院，山东省家畜种质创新与利用重点实验室，山东泰安271017；

2.泰安巴夫巴夫农业科技有限公司，山东泰安271403；3.宁阳县农业高新技术产业发展服务中心，山东泰安271409）

摘要：本文旨在检测泰山黑猪基因组选择信号，挖掘泰山黑猪的优良种质特性基因，为泰山黑猪的选育提供

理论依据。以泰山黑猪为研究对象，利用中芯一号SNP芯片对泰山黑猪进行基因分型，结合莱芜猪、里岔黑

猪的芯片数据，利用群体遗传分化指数（θπ

Fst）和核苷酸多态性比值（）进行基因组选择信号分析，滑动窗

口长度为50kb、步长20kb，取θπ

Fst和前5%窗口的交集为基因组受选择区域，并对候选基因进行GO和

KEGG富集分析。分别以莱芜猪和里岔黑猪作为参考群体，对泰山黑猪进行选择信号分析，分别检测出685

个和340个受选择区域，分别注释到417和215个基因；并筛选到与泰山黑猪繁殖性能（

CCDC87、HIPK4、

THRB、CAPN11、EPHB2、SRD5A1、TLE6）、生长发育（AKIRIN2、HSD17B4、MIR27B、TGIF1、RPS20、

PLAG1）、脂肪沉积（NDUFS4、COL21A1、DNAJC1、DNMT3A、FN1、GNPDA2）、猪肉品质（ITGA11、

PNKD）等重要经济性状相关的候选基因。在富集分析中发现，显著通路多与代谢、MAPK通路、脂肪沉积

等有关；通路中HSD17B4、SCD基因均与脂质代谢相关。综上所述，利用基因组信号扫描分析不仅可以挖掘

出泰山黑猪重要经济性状相关的候选基因，而且为泰山黑猪的分子选育提供了科学依据。

关键词：泰山黑猪；选择信号分析；功能富集；候选基因

中图分类号S828.2文献标识码ADOI编号10.19556/j.0258-703308

：：：

选择信号是指动物在自然选择和人工选择的作用品种进行了全基因组扫描使用Fst分析发现了与品

，

下在基因组上留下的痕迹表现为基因组上部分片段种标准及繁殖脂肪沉积等生产性状相关的基因何

，、。

多态性的降低和大范围的连锁不平衡[1-2]通过选择信晓锦等[5]使用TajimaD检验方法挖掘到了里岔黑

。，

号分析可以揭示某个群体在基因组层面所受到的选择猪高繁殖力和多肋等性状相关的基因何志兵[6]使用

，。

θπ

探究种群的进化方向