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栽培资源遗传标识体系：SSR标记应用与验证
目录
文档概要．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．3
1.1研究背景．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．4
1.2栽培品种资源重要性．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．5
1.3遗传分子标记技术概述．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．6
1.4SSR标记技术简介．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．8
1.5本研究目的与意义．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．12
SSR标记原理与技术体系．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．13
2.1微卫星DNA基本特征．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．15
2.2SSR标记引物选择策略．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．18
2.3DNA提取与检测方法．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．19
2.4PCR扩增反应体系优化．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．21
2.5SSR片段大小测定与分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．22
2.6SSR数据基础统计计算．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．24
栽培资源基因组SSR位点筛选．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．27
3.1目标品种群体构建．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．31
3.2代表性SSR引物筛选．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．31
3.3目标群体多态性评估．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．34
3.4信息量丰富位点确定．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．36
SSR标记数据采集与标准化．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．38
4.1实验方案设计与实施．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．39
4.2样本基因组DNA制备质量控制．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．44
4.3PCR扩增产物凝胶成像标准化．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．46
4.4SSR数据得分转换与核对．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．49
SSR标记多态性分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．50
5.1标记等位基因变异性分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．52
5.2群体遗传结构解构．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．53
5.3亲缘关系距离计算．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．54
5.4聚类分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．56
SSR标记体系验证实验．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．58
6.1中性基因标记确认．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．59
6.2重复性实验评估．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．60
6.3野生近缘种对比分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．63
6.4不同组织样品适用性验证．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．64
SSR遗传标识数据应用．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．67
7.1基于遗传距离的考种评价．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．69
7.2亲缘关系与进化关系探究．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．72
7.3资源分类与鉴定技术支持．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．73
7.4育种家系构建辅助分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．75
综
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