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高冰草与细茎冰草的叶绿体基因组比较研究
目录
高冰草与细茎冰草的叶绿体基因组比较研究（1）．．．．．．．．．．．．．．．．4
一、前言．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．4
1.1叶绿体基因组研究的背景与重要性．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．5
1.2高冰草与细茎冰草基本概况．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．8
1.3的比较研究意义．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．10
二、材料与方法．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．11
2.1实验材料选择与处理．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．13
2.1.1高冰草种群样本选择及其DNA提取．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．14
2.1.2细茎冰草种群样本选择及其DNA提取．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．16
2.2叶绿体基因组的测序方法．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．17
2.2.1初步核酸序列分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．20
2.2.2高通量测序与序列拼接．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．24
2.3数据预处理与工具．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．26
2.3.1数据筛选与过滤．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．31
2.3.2生物信息学工具概述．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．34
三、实验室和研究场所．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．36
3.1分子生物学检验室．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．37
3.2计算生物学研究平台．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．40
3.3遗传基因学实验室．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．41
四、实验结果．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．42
4.1叶绿体基因序列特征分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．44
4.1.1基本叶绿体基因组成．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．45
4.1.2遗传多样性的初步探究．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．49
4.2不同冰草种的基因组差异与系统发生分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．51
4.2.1DNA同源性分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．52
4.2.2系统发生树构建．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．55
4.3捕光复合体的基因序列比较．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．59
4.3.1光系统II关键蛋白基因差异特征．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．62
4.3.2光合作用信号转导途径基因分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．63
4.4叶绿体基因组独特特征与基因进化．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．66
4.4.1基因重排或内含子插入事件．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．67
4.4.2基因疾病分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．69
五、讨论．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．70
5.1高冰草与细茎冰草叶绿体基因组特征分析．．．．．．．．．．．．．．．．．．70
5.2对冰草属系统演化的启示．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．74
5.3研究的应用前景与限制．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．77
高冰草与细茎冰草的叶绿体基因组比较研究（2）．．．．．．．．．．．．．．．78
一、文档概要．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．78
（一）研究背景与意义．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．．80
（二）研究目
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