常绿木质藤本植物黑老虎基因组SSR特征分析及引物开发.pdfVIP

常绿木质藤本植物黑老虎基因组SSR特征分析及引物开发.pdf

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第41卷第4期中南林业科技大学学报Vol.41No.4

2021年4月JournalofCentralSouthUniversityofForestryTechnologyApr.2021

Doi:10.14067/ki.1673-923x.2021.04.015http://

常绿木质藤本植物黑老虎基因组SSR特征分析

及引物开发

邹建文,罗先权,饶红欣,李小飞,颜立红,何润华,陈灵

(湖南省森林植物园,湖南长沙410116)

摘要:【目的】开发黑老虎SSR标记,为其群体遗传学研究以及种质资源收集、保存、评价以及良种选育提

供依据。【方法】基于高通量测序获取候选SSR位点,设计引物进行PCR扩增及其产物多态性检测;以湖南会

同、城步和桂东3个天然群体66个黑老虎植株为供试材料,选取多态位点开展遗传多样性分析,并应用5个近

缘种25个植株探讨SSR标记的通用性。【结果】通过高通量测序检索到152207个候选SSR位点,以二核苷酸

重复比例(57.69%)最大,其次为单核苷酸(17.30%)和四核苷酸重复(10.68%);单、二、三、四、五和六

核苷酸重复单元分别以A/T(98.06%)、AC/GT(57.30%)、AAG/CTT(41.91%)、AAAT/ATTT(29.55%)、

AAAAT/ATTTT(29.18%)和ACACAT/ATGTGT(40.31%)最为普遍。从160对SSR引物中筛选出28对,能

成功进行PCR扩增且获得多态位点;3个天然群体的遗传多样性分析结果表明,28个位点共有168个等位基因,

每位点等位基因数为2~14,实际杂合度和期望杂合度分别为0.000~0.900和0.000~0.860;会同、城步和

P

桂东群体分别有9、13和7个位点显著偏离Hardy-Weinberg平衡(<0.05),未发现位点间连锁不平衡现象

P

(≥0.05)。28个位点中,有24和14个可应用于南五味子和异形南五味子,而对于翼梗五味子、华中五味

子和狭叶五味子,则通用性偏低,仅6~9个位点得以成功扩增。【结论】开发出的28个SSR标记,可应用于

黑老虎及其近缘种的遗传多样性分析、种质资源评价、种质鉴定以及分子标记辅助育种等。

关键词:黑老虎;SSR标记;种间通用性;高通量测序;遗传多样性

中图分类号:S718.3文献标志码:A文章编号:1673-923X(2021)04-0130-09

CharactersofgenomicSSRsanddevelopmentof28SSRmarkersfor

Kadsuracoccinea,anevergreenwoodyvine

ZOUJianwen,LUOXianquan,RAOHongxin,LIXiaofei,YANLihong,HERunhua,CHENLing

(HunanForestBotanicalGarden,Changsha410116,Hunan,China)

Abstract:Objectiv

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